四种单细胞RNA-Seq平台大比拼[心得点评]

针对如今热门的单细胞RNA测序分析，市场上涌现出多个平台。这些平台的性能究竟如何？近日，生物分子资源实验室协会（ABRF）的研究人员展开了比较，并在年会上公布了结果。他们发现，不同单细胞RNA测序平台的表现相当，但各有缺点。

ABRF的基因组学研究小组测试了一系列单细胞RNA测序方法，希望能帮助研究人员选择最适合的平台。他们利用处理和未处理的乳腺癌细胞系，比较了多个平台在易用性、成本和时间上的差异，包括Fluidigm、WaferGen（Takara旗下）、10x Genomics和Illumina/Bio-Rad。

在实验过程中，研究人员使用了SUM149PT细胞，它们或经过组蛋白去乙酰酶抑制剂TSA处理，或经过DMSO处理，并在WaferGen iCell8、Fluidigm C1、10x Chromium Controller或Illumina/Bio-Rad ddSEQ平台上开展分析。他们测试了两个版本的C1，包括96 IFC和HT-IFC。

据美国罗切斯特大学的John Ashton介绍，每个平台大约分析了4,000个细胞，不过Fluidigm除外，因为Fluidigm方法的细胞捕获能力较低，两个版本分别为96个细胞和400个细胞。

与此同时，研究人员还开展了大量细胞的测序，作为“真实的背景”。 Ashton指出，各个平台的表现大体相似，但不如大量细胞的测序。不过，Fluidigm平台的表现略好一些。各个平台都没有达到基因检测的饱和，表明它们在测试条件下的灵敏度相似。

当然，“没有一种技术没有错误，”Ashton表示。他和他的同事发现了一些检测偏倚，主要是由于GC含量或基因长度。

各种单细胞方法在捕获效率上也各不相同。例如，10x Genomics平台的捕获效率为65%，WaferGen平台的效率为30%，而Illumina/Bio-Rad平台仅为3%。

Ashton认为，总体而言，各种单细胞RNA测序方法都能够区分处理和未处理的细胞。然而，有些平台的异常值更多，而有些平台能够更好地分辨处理组。

此外，不同单细胞RNA测序平台在易用程度和周转时间上也有所不同。研究人员认为，10x Genomics和Illumina/Bio-Rad方法易于使用，而Fluidigm HT-IFC方法难以使用。同样地，Fluidigm HT-IFC方法耗时最长，达到12个小时，而96 IFC方法需要10小时，与Illumina/Bio-Rad方法相当。WaferGen方法只需要7小时。

成本也各不相同。从细胞捕获到文库制备，WaferGen方法大约花费3,100美元，每个细胞约为3美元，而Illumina/Bio-Rad方法大约花费1,200美元，每个细胞的成本在1美元至4美元。Fluidigm HT-IFC方法花费2,500美元，均摊到每个细胞上的成本大约为3.13-6.25美元，而96 IFC方法的成本为2,000美元，每个细胞高达20.83美元。

研究小组最终得出结论，每种单细胞RNA测序方法都各有优势，需要用户自己来权衡。同时，Ashton指出，这项研究也存在一些限制，包括批次影响，因为样品并不是同时运行的。研究结果将于近期发表。（生物通 薄荷）