单细胞链特异性RNA-seq分析

随着NGS技术的不断发展，单细胞转录组测序也逐渐成为大家尤为关注的研究。单细胞测序的技术不断涌现，也有多种方法可以选择。

但是，重要的技术革新总是由“如果”开始。比如，如果样本是单细胞，如果还想同时分析编码和非编码RNA，如果还想知道链来源信息……这么多如果想要实现，怎么办？ 选择SMART-Seq^® Stranded Kit，以上“如果”统统实现！

SMART-Seq^® Stranded Kit的特点有哪些，现在开始大公开！

与众不同的技术！
不需要进行核糖体RNA去除的前处理操作！采用特别的ZapR技术，在文库制备过程中将核糖体RNA来源的cDNA切断！

省时省力的操作！
从1–1,000个细胞，到10 pg-10 ng的总RNA都可以作为起始，整个流程仅需7 h即可完成文库制备！

恰到好处的包容！
编码RNA和非编码RNA在内的全部转录组，都能准确检测！同时保留链特异性，更加准确！

精益求精的态度！
适用于多种样本。包括激光捕获显微镜（LCM），组织活检，液体活检，cfRNA，脊髓液等珍贵样品，或者是FFPE等降解样品！

不同起始量总RNA起始，构建高品质文库！

以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。由上述图可以看出，其重复之间相关性系数非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量为10 pg时，也具有非常高的重现性。

不同起始量的细胞起始，构建高品质文库！

利用FACS分离出A375细胞，分别以1-1,000个细胞起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。由上述数据表明，该SMART-Seq试剂盒具有1-1,000个细胞的稳定建库性能。

SMART-Seq可以实现与SMART-Seq v4相当的灵敏度和再现性！

通过FACS分离的K562单细胞，使用SMART-Seq试剂盒与单细胞RNA-seq试剂盒SMART-Seq v4 Ultra（合成cDNA用Nextera^® XT DNA制备文库）进行了文库制备，然后进行NGS测序分析。

Panel A 每个试剂盒鉴定的转录物总数（FPKM> 1）非常相似，共有84％重叠。其中， SSv4鉴定了19,331个转录本，SMART-Seq鉴定了19,106个转录本（图A）。
Panel B 两个试剂盒鉴定的单细胞转录本数量相似。
Panel C 两个试剂盒表达的所有细胞的转录物水平的重现性（Pearson系数）是相似的。
总的来说，这些数据显示了SMART-Seq试剂盒可以实现与SSv4试剂盒相当的灵敏度和重现性。

（以上数据均来源于Takara Bio Inc.）

SMART-Seq Stranded Kit为单细胞转录组分析提供了一个不同寻常的解决方案！所以如果您的样本是单细胞或非常微量的total RNA样本，希望能分析编码和非编码RNA，希望能提供链特异性等，都可以选择它！