Cell子刊：2015年精选技术文章

之前Molecular Cell杂志曾推出过技术专刊，此次的年度最佳论文则精选了更多的新技术，其中包括四篇技术综述与六篇技术研究论文。

　　

生物通报道：作为分子生物学，生物化学等研究领域的著名期刊，创刊于1997年的Molecular Cell杂志致力于发布侧重于基础研究层面的最新生物学研究成果。近期Molecular Cell杂志公布了Best of 2015（年度最佳论文），其中主要聚焦于技术方面的科研进展。

之前Molecular Cell杂志曾推出过技术专刊：《细胞》十一篇文章介绍前沿技术，而此次的年度最佳论文则精选了更多的新技术，其中包括四篇技术综述与六篇技术研究论文。

上文：Molecular Cell：年度最佳技术文章

Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry

这篇文章描述了一种利用高效可逆共价化学键追踪不同RNA的新技术。这种方法能用于追踪多种不同的RNA，比如4-硫代尿苷标记的RNA，可以用于组织特异性转录，以及动态转录组分析DTA。

SpDamID: Marking DNA Bound by Protein Complexes Identifies Notch-Dimer Responsive Enhancers

这篇文章中，研究人员开发出一种新技术可精确地标记称为转录因子的调控蛋白，是在活细胞的细胞核中哪个部位与DNA相互作用。这项新技术被称为SpDamID，可让科学家回答现有技术无法解决的、有关“组织发育和疾病”的基本问题。

要了解有缺陷的疾病过程，研究人员需要追踪转录因子在何处以及如何与DNA相互作用，以确定健康细胞和患病细胞之间的差异。考虑到人类基因组的大小，目前用于跟踪蛋白质基因相互作用的研究方法，可能是繁琐的、耗时的，而且不总是确定性的。

今天常用的一种流行方法，被称为染色质免疫沉淀，结合新一代基因测序（ChIP-seq）。新技术SpDamID可标记活细胞中的DNA，并且仅在两个标记的蛋白在相同的DNA链上彼此接近相互作用的情况下。该技术是基于先前的一种称为DamID的方法。弥补ChIP-seq缺陷的新工具

A Regression-Based Analysis of Ribosome-Profiling Data Reveals a Conserved Complexity to Mammalian Translation

基因组学研究的基本目的之一是确定表达蛋白完整集合，自动注释方法主要依赖于根据蛋白编码序列的推测，比如蛋白是否保守，是否折叠或者长度大小。但越来越多的新发现蛋白并不遵从这些规则。

为此研究人员在这篇文章中开发出了一种线性回归的核糖体性能分析方法，这为揭示哺乳动物翻译过程提供给了重要帮助。

Measuring In Vivo Mitophagy

自噬已经成为了一个热门研究领域，这一在进化上（从酵母到人类）非常保守的生物降解程序，能在多种生理条件下维持细胞内稳态。但是至今没有一种简便的方法能分析体内的自噬。在这篇最新研究论文中，作者介绍了一种基于Keima荧光的转基因小鼠模型，可以用于分析多种环境和遗传条件下的自噬反应。

Massively Systematic Transcript End Readout, ‘‘MASTER’’: Transcription Start Site Selection, Transcriptional Slippage, and Transcript Yields

一组研究人员发现当RNA聚合物酶结合DNA并且开始展开DNA双链后，就会对DNA的双链进行解旋操作，直至其连接上转录起始位点，研究者称该过程为DNA解链。在转录起始位点的选择中为了检测到DNA的解链过程，研究人员开发了名为MASTER和MASTER-XL的新型实验方法，即为大规模的系统性转录最终读数（massively systematic transcript end readout）。

MASTER-XL可以同MASTER技术结合将蛋白质特殊位点的人工氨基酸通过交叉连接引入到DNA位点上，利用高通量的算法，研究者就能够准确并且快速地在成百上千万种不同的DNA序列中指出这些交联位点。这种快速的测序方法，加上先进的生物化学及化学方法或者就可以帮助揭示转录过程中DNA解链的关键机制。

（生物通：万纹）