华大基因Nature Genetics发表基因组研究新成果

　　

生物通报道  来自美国乔治亚大学、华大基因研究院的研究人员，与参与国际花生基因组计划（International Peanut Genome Initiative）的多个研究机构一起，证实了来自玻利维亚的一种野生植物是栽培花生品种史前起源的一个“活文物”。

现在农民们种植的花生是两种野生物种杂交的结果。这一杂交种是由古代的南美洲居民培育出来，通过选择转变成为了现在的作物。研究人员将他们的结果发布在《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上。

通过比较一种野生物种与栽培花生的DNA序列，研究人员证实它们几乎是完全一样的；事实上，它们有99.96%的序列完全相同。这是一种前所未有的相似度。

由于祖先是两个不同的物种，当前的栽培花生携带着两个独立的基因组，命名为“A”和“B”亚基因组。高度的相似性意味着，当测序栽培花生基因组时很难分别绘制出它们。为此，在第一步研究人员利用植物学家在数十年前于玻利维亚和阿根廷境内安第斯山脉繁茂丘陵中采集的两个古老的野生花生物种构建了它们的模型。其中的一个——蔓花生（Arachis duranensis）的基因组与A亚基因组相似。但引起他们注意的是另一个物种——A. ipaensis的基因组，它与B亚基因组几乎完全相同。

在1971年植物学家采集到A. ipaensis后不久就认识到它是独特的。A. ipaensis种群非常小且孤立，它的近亲种植在向北数百英里的地方。植物学家们想知道它是如何到达培育地点的。

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这一不同寻常的DNA同一性驱使下，科学家们利用来自数十年植物收集品的信息，古代狩猎采集者-农民季节性迁移的知识和分子DNA钟计算，弄清楚了是在大约1万年前由人类搬运了这种植物的种子。

研究人员发现，一切都契合。这是唯一发现A和B基因组靠近在一起种植的地方。这一区域就靠着当前大多数原始栽培花生种类种植的区域，年代就是在南美洲植物驯化发生的时间范围内。

这些新的花生基因组序列已在2014年向全球的研究人员和植物育种家公布。它们将推动培育出更高产、适应性更强的花生品种。

去年12月17日，Nature出版集团发表《2015中国自然出版指数》增刊，分析了中国2012年至2014年期间的科研产出情况之后指出，中国的高质量科研产出已跃居全球第二。而华大基因在Nature和Science的发表指数中居全国第三。当前华大基因已成为了全球最大的基因组学研发机构。

2015年12月，来自华大基因研究院、广州医科大学附属第一医院等处的研究人员报告称，他们首次完成了对亚洲患者原发性及转移性肺腺癌的大规模测序。研究成果发布在Nature Communications杂志上（华大基因、广州医科大Nature子刊发布测序新成果 ）。

2015年11月，华大基因研究院的研究人员在Science杂志上报告称，他们通过分析澳大利亚缺少PRDM9蛋白的物种，了解了物种中的基因关键事件（华大基因同期Nature，Science解析关键基因事件 ）。在同期的Nature杂志上，也公布了华大基因的一项重要成果：一个长达4.5Mb的超级基因控制着流苏鹬的特殊交配行为，这个超级基因包含125个基因（华大基因Nature Genetics发表重要测序成果）。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文索引：

The study, "The genome sequences of Arachis duranensis and Arachis ipaensis, the diploid ancestors of cultivated peanut," will be available online at http://dx.doi.org/10.1038/ng.3517.