锐博生物lncRNA ChIRP Probe，您的互作研究新方案

ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种同时分析lncRNA、蛋白及DNA三者互作关系的实验方法。利用lncRNA ChIRP probe可用于在全基因范围内定位lncRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子；结合蛋白质组学技术，可以鉴定lncRNA在染色质水平所结合的蛋白质。锐博生物结合自身优势，特向广大用户推出Ribo™ lncRNA ChIRP Probe，以加速实验研究进展。

产品特点：
• lncRNA全链覆盖探针设计，不受RNA复杂结构约束
• 超多位点设计探针，特异性捕捉目的lncRNA结合位点
• 自行混合Probe Pool，实现多种实验参照组合

经典ChIRP Probe设计及实验原则：

针对每个特定的lncRNA分子序列，按照100nt的步长设计长度为20个碱基长度的特异性反义核酸序列，并对所有序列进行编号，以奇数为一组，偶数为一组，合成末端修饰Biotin-TEG基团的lncRNA ChIRP probe。lncRNA ChIRP probe与交联的lncRNA分子复合物进行特异性杂交结合，通过末端修饰Biotin-TEG化学基团，利用链霉亲和素偶联的磁珠进行结合，纯化出目标lncRNA所结合的染色质复合体，最后从复合体中纯化出RNA、DNA和蛋白质用于后续的分析，以发现目标lncRNA的分子作用机制。混合后的奇数组探针库和偶数组探针库用于平行试验，作为内部参展，选取两组中相同检测的分子，排除非特异性的检出分子，提高实验的准确性。

产品订购：

产品编号	产品名称	规格	目录价
Varies	Ribo™ lncRNA ChIRP Probe (5’Biotin-TEG)	标准纯化 2nmol	￥380/条
Varies	Ribo™ lncRNA ChIRP Probe (3’Biotin-TEG)	标准纯化 2nmol	￥580/条

注：1）客户需提供lncRNA编号和待检测序列，公司将根据常规设计方式及客户要求进行设计和合成相应数量的lncRNA ChIRP Probe及相应的Biotin-TEG标记方式。
2）考虑lncRNA功能研究的不确定性，公司承诺ChIRP Probe合成质量，但不保证实验结果。

图1  Ribo™ lncRNA ChIRP Probe 实验流程及应用
（图片来源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.）

ChIRP研究案例

一、ChIRP-DNA研究

利用ChIRP-Seq检测特殊lncRNA在基因组内结合位点和互作蛋白

研究者利用ChIRP-Seq鉴定了3个lncRNA在基因组DNA的结合位点。果蝇中lncRNA—roX2主要结合于雄性X染色体伴性基因，且更倾向分布于基因3’ 端的CES位点（chromosomal entry sites）；人端粒酶RNA—TERC出现在端粒和Wnt通路基因上；HOTAIR lncRNA则优先出现在GA富集的DNA结构域，该区域是多梳蛋白结合域核心区，也是H3K27me3分布区。

   

图2  将lncRNA—roX2的ChIRP-Seq结果与MSL3蛋白的ChIP-Seq结果进行直接比较。
（图片来源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.）

A：roX2 ChIRP-Seq结合峰与MSL3 ChIP-Seq蛋白结合峰在CES处有明显的重合，证明MSL3和roX2结合位点重叠；
B：roX2和MSL3在X染色体靶基因中主要分布于3’端转录终止位点（Transcription termination site）附近。

二、ChIRP-Protein研究

Xist lncRNA是X染色体失活的关键调控RNA。Howard Chang开发了一种基于ChIRP的质谱分析方法，ChIRP-MS，系统性鉴定了参与Xist非编码RNA功能发挥的81种结合蛋白，包括染色质修饰蛋白，细胞核基质蛋白，RNA重塑通路相关蛋白。

 

图3 采用ChIRP-MS系统性分析Xist功能发挥的重要结合蛋白（图片来源于Chu C, et al. Cell. 2015）
A） 在无RNase处理的情况下，通过ChIRP能够获取60%以上的Xist转录本；
B和C）通过Xist-ChIRP获取Xist结合蛋白电泳结果和WB。

参考文献：
[1] Chu C, et al. Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs. Nature structural & molecular biology. 2015.
[2] Chu C, Zhang QC, et al. Systematic discovery of xist RNA binding proteins. Cell. 2015.