Science采用改进CRISPR技术 发现近500个新的lncRNAs

　　生物通报道：长链非编码RNA (lncRNAs)是一类长度大约为200个核苷酸，但不编码任何蛋白的神秘分子，一直以来科学家们都想知道基因组中这类分子到底是起什么作用的。

12月15日Science杂志公布了一项最新研究发现：来自加州大学旧金山分校的研究人员识别出了499个新lncRNAs，这为理解这些小分子的功能奠定了基础。同时研究人员也发现lncRNAs与大多数编码基因不同，后者能作用于多种细胞系，但令人惊讶的是，90%已发现的lncRNAs只会影响一种细胞类型的生长。

“大多数细胞中都具有大量的lncRNAs这种神秘分子，但我们不知道它们具体有多少，哪些对基本生物功能具有重要意义。这项最新成果让我们惊讶的是，大多数lncRNAs只在一种细胞类型内发挥功能，这种RNA功能的极度特异性是之前未曾发现过的，”文章作者，加州大学旧金山分校神经学家和临床医师 Daniel Lim说。

之前的研究表明，某些lncRNAs 在细胞生长和功能，以及疾病发生过程中扮演了关键角色，十年前科学家们发现人体基因组中很大一部分是转录成了lncRNAs，一些研究组指出几十个lncRNAs对细胞，甚至机体来说具有重要意义。但只有少数研究发现了lncRNAs的功能，这受限于分析lncRNAs功能和作用细胞类型的研究工具。

在最新这项研究中，研究人员采用了非常热门的一项新工具：CRISPR技术，研发了一种CRISPR干扰平台（CRISPRi），靶向七种不同细胞系中16,401个lncRNAs，这七种细胞系包括六种转化细胞系，和一种人诱导多能干细胞系。研究人员利用CRISPRi工具，抑制了每种候选lncRNA，这样筛选了上千个位点，从中找到了499个细胞强健生长所必需的位点，而其中89%只作用于一种细胞类型。

“这种技术的力量来自CRISPRi，是它帮助我们能关闭这些非编码转录子的转录，”Lim说。为了能确保CRISPRi快速筛选顺利进行，研究人员也为每个位点准备了10个导向RNA，从而构建了大约包含170,000个导向RNAs的文库，研究人员将这个文库命名为 CRiNCL （CRISPRi noncoding library），由Addgene提供。

不过这项研究中最令人惊奇的发现，就是绝大多数的lncRNA基因只作用于一种细胞类型的细胞生长。蛋白编码基因在许多类型细胞中发挥着关键的作用，但lncRNAs只在一种细胞中扮演重要角色，这说明lncRNAs给每个细胞注明了身份。

一些科学家对这一研究盛赞，指出这是第一次通过特殊细胞类型全基因组筛选lncRNA，从中我们可以断定大多数lncRNAs对于细胞活力至关重要，之前这一观点还被质疑，现在得到了证实。

不过目前尚不清楚这499个lncRNAs位点如何影响细胞生长，这一研究克服了全基因组筛选的许多不足之处，但不能判断到底是这些lncRNAs转录的作用，还是最终RNA产物的作用。

同时这项研究也将对靶向癌症治疗产生影响，研究证明了许多lncRNAs位点在细胞增殖过程中具有重要意义，那么在癌症等需要细胞增殖的疾病中，这些位点就代表着以RNA为基础的新型治疗途径。

（生物通：万纹）

原文摘要：

S.J. Liu et al., "CRISPRi-based genome-scale identification of functional long noncoding RNA loci in human cells," Science, doi:10.1126/science.aah7111, 2016.

The human genome produces thousands of long noncoding RNAs (lncRNAs) – transcripts >200 nucleotides long that do not encode proteins. While critical roles in normal biology and disease have been revealed for a subset of lncRNAs, the function of the vast majority remains untested. Here, we developed a CRISPR interference (CRISPRi) platform targeting 16,401 lncRNA loci in 7 diverse cell lines including 6 transformed cell lines and human induced pluripotent stem cells (iPSCs). Large-scale screening identified 499 lncRNA loci required for robust cellular growth, of which 89% showed growth modifying function exclusively in one cell type. We further found that lncRNA knockdown can perturb complex transcriptional networks in a cell type-specific manner. These data underscore the functional importance and cell type-specificity of many lncRNAs.