Nature首次发布海洋被子植物基因组草图

　　

生物通报道：为了减缓大气中的碳排放，研究人员转向了碳汇——积累和储存碳的储藏所，如热带雨林，也包括各种各样的陆生植物和海洋。然而，另一个鲜为人知、但却非常大的碳汇位于地球的软沙海岸线。

沿海的海草生态系统覆盖了大约200000平方公里。它们约占全球碳固定的百分之15，而且还影响硫和氮循环。此外，它们作为幼鱼和其他生物的温床，保护海岸线免受侵蚀，并有助于保持水体的清澈。

第一种海洋被子植物基因组
2016年1月27日在《Nature》杂志上发表的一项研究中，一个欧洲团队——包括来自美国能源部联合基因组研究所（DOE JGI）的研究人员，测定了一种海草（大叶藻，Zostera marina）的基因组序列，样本取自芬兰群岛海域。尽管称为海草，但大叶藻并不是真的草类，而是完全淹没在海洋里的开花植物（或被子植物），一个古老单子叶植物家族的成员。为了更好地适应环境，植物返回到咸水环境中，该研究小组将大叶藻的基因组与淡水近缘植物大浮萍 (Spirodela polyrhiza)进行了对比。浮萍的基因组测序和分析是由DOE JGI完成的。

在北半球被发现，大叶藻是第一种被完全测序的海洋开花植物，这项工作是通过DOE JGI的科学项目完成的。作为沿海海洋生态系统中的基础性物种，研究人员非常想了解这一植物——引申开来在生态系统中的其他植物，是如何适应气候变化的。

在适应水下生活的过程中，大叶藻获得了一些基因，可允许它生活在咸水中，但却失去了一些与陆地植物性状相关的基因。该小组很想确定“在大叶藻返回大海后经历重大修改的途径”。

本研究首席作者、荷兰格罗宁根大学的Jeanine Olsen称之为“一个陆地（甚至淡水）物种可能经受的最极端的适应。她解释说，大叶藻已修改了其细胞壁——这是更独特的海藻样特征。并修改了与光传感、植物防御信号、传粉系统和内部水平衡调节相关的基因。大叶藻失去了紫外线保护和各种挥发物（包括萜类，有很多应用的烃类，可作为先进燃料的另一替代源）生产相关的基因。

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淡水和咸水植物基因组的比较
该研究小组比较了大叶藻和浮萍的基因组，浮萍是最简单的一种开花植物，是已经测序的、与Zostera marina亲缘关系最近的植物。他们注意到，由于对淡水或陆地条件的适应，细胞壁结构相关的基因有所差异。例如，浮萍之类的植物似乎失去了帮助植物将水保存在细胞壁中的基因，而大叶藻则重新获得了这些基因，以更好地应对退潮时的渗透胁迫。

Olsen这样描述影响大叶藻的变化：“它们已经重新改造了自己。”虽然多年来，这已知是生化变化，但是，产生这些硫酸多糖用于细胞壁基质的根本途径，与低甲基化果胶（大叶藻素）的扩张相结合，已被科学家们阐明，并且它们带有强大负电荷的本质，被认为有助于保护细胞免于渗透胁迫。作物育种家可能会受益于‘这些植物如何进化出了耐盐性’的见解。”

随着大叶藻草甸从阿拉斯加延伸至加利福尼亚，从白海到葡萄牙南部，Olsen指出，这些生态系统给研究人员提供了“一个天然实验”，来研究植物对温暖或寒冷水域、以及耐盐、海洋酸化和光的快速适应。

了解关于生态-进化相互作用的更多信息，也与基因组学为基础的早期预警指标的发展有关，可能预示着海草生态系统崩溃。DOE JGI植物项目负责人Jeremy Schmutz强调，虽然大叶藻是沿海海洋生态系统功能中的关键角色，并被认为是“海洋的肺”，它们也濒临着灭绝。他说：“据估计，全世界有近三分之一的大叶藻草甸被径流破坏进入海洋，从而降低了它们作为碳汇的潜在能力。因此，研究大叶藻的适应能力，是协助保护工作刻不容缓的事情。”

在过去的2015年里，有多种植物的基因组序列得以测序。

青稞
全球首个青稞基因组图谱由我国科学家正式绘制成功，1月13日，其研究成果在线发表在PNAS杂志上。研究成果揭示了青稞的高原适应性机制，解读其起源、驯化及栽培选育过程。（全球首个青稞基因组图谱绘制完成）

铁皮石斛
来自吉林大学、中科院昆明动物研究所、云南农业大学等机构的研究人员称，他们绘制出了铁皮石斛（Dendrobium officinale）的第一张基因组草图，阐明了重要的中国传统兰花草的生物学。这项研究发布在6月Cell出版社旗下子刊《Molecular Plant》杂志上。（中国科学家Cell子刊发布名贵中药基因组草图）

菠萝
通过对菠萝基因组进行测序，福建农林科技大学等处的科学家们，正在研究“使多汁的菠萝植物能够生长在缺水环境”的基因和遗传途径。这一新的研究结果，发表在国际著名学术期刊《Nature Genetics》，对禾草植物的复杂进化历史，打开了一个新窗口，如高粱和水稻，它们与菠萝共有一个遥远的祖先。（福建农林大学Nature子刊菠萝基因组测序）

枣椰树
来自纽约大学阿布扎比分校（NYUAD）的研究人员，确定了枣椰树基因组中遗传变化的图谱。他们还确定了中东枣椰树和北非地区枣椰树之间的遗传差异，这个重要的发现阐明了长期以来的枣椰树进化问题。这项研究发表在《Nature Communications》。（基因组测序揭开枣椰树起源谜题）

红花苜蓿
英国基因组分析中心（TGAC）与阿伯里斯特威斯大学生物、环境和农业科学研究所（IBERS）合作，进行了红花苜蓿（Trifolium pratense L.）DNA的测序和组装，可帮助育种者改善这种重要饲料作物的有益性状。相关基因组草图发表于最近的Nature子刊《Scientific Reports》。（英国发布红花苜蓿基因组草图）

（生物通：王英）

生物通推荐原文：

Jeanine L. Olsen et al. The genome of the seagrass Zostera marina reveals angiosperm adaptation to the sea, Nature (2016). DOI: 10.1038/nature16548