Nature子刊发表里程碑基因组测序成果

　　

生物通报道：最近科学家们又破解了一种重要模式生物的基因组，这项由里程碑意义的研究成果发表在一月二十五日的Nature Communications杂志上。

荷兰生态研究所（NIOO-KNAW）和Wageningen大学的研究团队首次组装了大山雀参考基因组、转录组和甲基化组。他们发现，表观遗传在记忆和学习能力的进化中起到了关键性作用。

“大山雀是我们最常用的一种模式生物，其参考基因组是生态学家和进化生物学家多年来翘首以盼的强大工具，”荷兰生态研究所的Kees van Oers和Veronika Laine说。

研究人员还对来自欧洲不同地区的29只大山雀进行了基因组测序，从中鉴定最近受到进化选择的基因组区域。研究显示，这些区域大多是与学习和认知有关的基因。“大山雀进化得非常聪明，是学习能力最强的鸟类之一。正因如此，它是研究学习、记忆和认知能力进化的理想模型，”Van Oers说。

进一步研究表明，大山雀这些基因组区域的保守甲基化模式还存在于哺乳动物中。由此可见，甲基化这种表观遗传学过程与分子进化有关，“甲基化越多，进化就越多。”

随着测序技术的蓬勃发展，人们正在加速完成各种生物的基因组测序工作。前不久，北京农学院、中科院遗传与发育生物学研究所、华大基因等机构的研究团队通过全基因组鸟枪测序获得了高质量的小豆基因组草图。这项研究发表在十月十三日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上，为理解小豆特性及其驯化过程提供了宝贵的线索。小豆（Vigna angularis）是一种重要的豆类作物，在全球三十多个国家都有种植。小豆种子是人类的重要食物来源，能为人体提供淀粉、可消化蛋白、矿物元素和维生素。（更多详细信息参见：中国科学家PNAS发布重要基因组草图）

随后，南方医科大学、华大基因BGI和加州大学Irvine分校的研究人员在PNAS杂志上发表了白纹伊蚊的基因组序列。他们对广东佛山的白纹伊蚊（Foshan strain）进行测序，获得了完整基因组序列和转录组数据。 白纹伊蚊起源于亚洲，也被称为亚洲虎蚊。它们生长在热带和温带地区，是高度适应性的物种。目前，白纹伊蚊已经成功入侵了除南极洲以外的每一个大陆，是人类健康的一大威胁。（更多详细信息参见：南方医科大、华大基因PNAS发表测序新成果）

2015年11月Nature Genetics杂志连发两项测序研究，揭示了一个复杂表型差异的简单遗传学基础。研究显示，流苏鹬的复杂交配策略取决于一段被称为超级基因的DNA。华大基因Xin Liu领导的研究团队参与了流苏鹬的全基因组测序。（更多详细信息参见：华大基因Nature Genetics发表重要测序成果）

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：Evolutionary signals of selection on cognition from the great tit genome and methylome