新工具助力CRISPR实验中的gRNA设计

生物通报道 CRISPR技术不断升温，让更多研究人员希望加入这一领域。不过，对于实验中向导RNA的设计，人们还是有点拿不定主意。Horizon Discovery公司近日推出一款免费的在线工具，用于设计CRISPR实验中的gRNA。

Horizon是英国的一家生物科技公司，在转化研究领域具有悠久的科学传统，同时又是领先的同源性重组基因编辑平台。它提供可用于基因组编辑的重组腺相关病毒载体（rAAV）和一系列CRISPR/Cas工具。这一次，它发布了gUIDEbook平台，能够对人和小鼠实验中的gRNA序列设计给出建议。

目前有许多在线工具能设计gRNA，它们来自Horizon这样的公司，或从事CRISPR研究的实验室。然而，用户通常需要在多个程序之间切换，以满足不同的目的。比如，有的程序能找到CRISPR切割的合适位置，而另一程序能预测切割的效率，至于脱靶效应的预测，也许还需要第三种程序。而gUIDEbook旨在成为一站式的平台。

gUIDEbook能缩小gRNA的范围，帮助找到最有可能实现高效、特异编辑的gRNA，以便后续实验的进一步筛选。当然，目前还没有一种程序能完美预测CRISPR的活性。Horizon 的CTO Eric Rhodes承认：“说实话，现实世界的预测并没有那么好。它们确实需要凭经验来检查。”

对于那些刚刚接触CRISPR基因编辑的研究人员，他们可以选择gUIDEbook的向导模式，听听Horizon的建议。当然，如果有了一定经验，您也可以选择高级模式，实现更大程度的定制。除了这些免费的在线版本，Horizon也与Desktop Genetics合作推出企业版，适合那些担心隐私问题的核心实验室或制药公司。

gUIDEbook的算法是基于公共工具的集合，也基于Horizon在设计gRNA上的经验，他们知道那些序列能带来最好的结果。“我们有一个免费的CRISPR项目，想法是让大量的试剂到达科研人员的手中，”Rhodes说。“我们要求他们提供向导RNA的性能数据，这样我们现在就能使用。”

他认为，整个科学界需要齐心协力。“我们需要很多很多有关向导RNA的信息，才能开发真正有预测性的算法。但我们正迈出第一步。”（生物通 薄荷）