遗传学大牛教你荧光原位RNA测序

　　

生物通报道：在生物学中，位置信息是很重要的。mRNA是活跃基因的功能性拷贝，它们在活组织中的定位，往往与细胞和组织的生长发育调控有关。以往人们要磨碎细胞才能同时分析多个mRNA，但这样就无法了解mRNA在细胞中的定位。

哈佛医学院Wyss研究所的科学家们解决了这个问题。George M Church和Je Hyuk Lee领导团队开发了荧光原位RNA测序（FISSEQ）技术，该技术可以在固定的细胞和组织中，获得全基因组范围的基因表达图谱。

著名遗传学George M. Church是哈佛医学院的遗传学教授、Wyss研究所的核心成员。他被誉为是个人基因组学和合成生物学的先锋。1984年，Church和Walter Gilbert发表了首个直接基因组测序方法，该文章中的一些策略现在仍应用在二代测序技术中。此外，如今的多重化分子技术和条码式标签也是他发明的。Church还是纳米孔测序技术的发明者之一。

FISSEQ最初发表在去年的《科学》（Science）杂志上，研究人员在模拟的创伤修复实验中，全面分析了人类原代成纤维细胞的RNA表达和定位。最近，他们又在Nature Protocols上公布了FISSEQ技术的详细步骤。（相关报道：Science突破性成果：鸟瞰细胞RNA）

RNA测序（RNA-seq）可以在整个转录组中定量评估基因表达发生的改变，但它无法提供基因表达的位置信息。原位杂交能够告诉我们基因表达的位置，但一次只能检测少量基因。与传统方法不同的是，FISSEQ能揭示环境特异性的转录本，保留RNA定位所需的组织结构。

FISSEQ主要是将RNA转化为交联的cDNA扩增子，然后在共聚焦显微镜上进行测序。该技术适用于组织切片和完整的胚胎，不太受光学分辨率的限制，还能减少单分子检测中的噪声信号。这一技术可以实现遗传学元件的大规模平行检测，帮助研究者们分析细胞表型、基因调控和原位环境。

文章指出，文库构建和测序可以在14天内完成，图像分析需要两天时间。有细胞显微操作经验的人都能用上FISSEQ，该技术对计算处理能力的要求很低。

 

 

生物通编辑：叶予

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