厦大韩家淮院士发表Nature Methods新文章

　　

生物通报道  传统的蛋白质组学采用数据依赖采集（DDA）策略，将蛋白质样品消化成肽段，离子化并通过质谱进行分析。蛋白质组研究界如今将目光集中在数据非依赖采集（DIA）上，它在理论上综合了DDA和定向分析技术选择反应监测（SRM）的优势。在DIA分析中，指定质荷比（m/z）窗口内的所有肽段都经过裂解；分析重复，直至质谱仪覆盖整个m/z范围。这实现了准确的肽段定量，而不限于分析预先定义的肽段（延伸阅读：2015值得关注的技术：DIA质谱 ）。

厦门大学的研究人员报告称开发出了一种叫做Group-DIA的非靶向分析方法，可用于同时分析多个DIA数据文件。这一成果发布在10月5日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。

中科院院士、厦门大学的韩家淮（Jiahuai Han）教授及博士后钟传奇（Chuan-Qi Zhong）是这篇论文的共同通讯作者。韩家淮院士在世界上率先发现p38信号通路，并在这一研究领域一直保持世界领先地位。迄今已在世界主流学术期刊上发表论文200余篇。

由于随机的前体离子选择，发现蛋白质组学具有有限的量化能力。当前已提出了几种数据独立获取方法来克服这种限制，包括SWATH-MS方法。在这篇Nature Methods文章中研究人员称，开发出了Group-DIA的非靶向分析方法，可同时分析多个DIA数据文件。

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相比于近期发布在Nature Methods杂志上的另一种非靶向分析方法DIA-Umpire，Group-DIA结合了来自所有数据文件的前体离子和碎片离子的洗脱图谱来确定成对前体-碎片离子。这些成对的前体离子和碎片离子构成了可以采用传统序列数据库搜索软件搜索得到的伪谱(pseudospectra)。

研究人员比较了Group-DIA和DIA-Umpire在分析SWATH-MS金标准(SGS)数据中的表现。结果显示分析的数据文件越多，Group-DIA比DIA-Umpire越能更好地鉴别出肽段。他们在分析中还采用了不同的搜索引擎及各种截断值，证实在每种设置情况下Group-DIA表现均好于DIA-Umpire。Group-DIA可识别出90% DIA-Umpire鉴别的肽段，而DIA-Umpir只能识别出不到60% Group-DIA揭示的肽段。比较肽段信号强度表明，Group-DIA能够更有效地识别低丰度的肽段。

研究人员还比较了Group-DIA与一种靶向分析策略OpenSWATH的量化准确度。SIS肽段信号强度表明，两种工具具有相似的定量准确度。而相比OpenSWATH，在重复中Group-DIA获得了更加一致的量化数据。

研究人员称，随后他们还评估了Group-DIA在分析免疫沉淀(IP)数据中的性能。证实Group-DIA比DIA-Umpir及OpenSWATH识别出了更多的肽段。最后，他们还比较了Group-DIA与OpenSWATH在分析来自全细胞溶解产物的SWATH-MS数据上的表现。证实两种方法可基本上等效分析来自高度复杂样本的DIA数据。

在文章的最后作者们指出，当前Group-DIA源代码和文档都可以在http://yuanyueli.github.io/group-dia/获取。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Group-DIA: analyzing multiple data-independent acquisition mass spectrometry data files

Discovery proteomics has limited quantification capabilities because of stochastic precursor-ion selection. Several data-independent acquisition (DIA) methods have been proposed to overcome this limitation1, 2, 3, 4, including the sequential-window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH-MS)……

作者简介：

韩家淮
 
厦门大学医学与生命科学学部主任，细胞应激生物学国家重点实验室主任，厦门大学生命科学学院教授，“****”特聘教授，****特聘教授，中科院院士。

曾获比利时Jean Stas奖 (1991)、美国心脏协会成熟研究员奖 (1995)、中国国家自然科学基金杰出青年奖(B类) (2001)、“卢嘉锡优秀导师奖” (2009)、“药明康德生命化学研究奖”一等奖 (2009)、“****成就奖” (2009)、自然科学研究一等奖 (2011)、国家自然科学二等奖（2013）
 
2007年8月起:厦门大学全职特聘教授并兼任美国Scripps研究所教授。
2001年11至2007年7月:兼任厦门大学特聘教授。
1993至2007:历任美国Scripps研究所助理教授、副教授、教授。
1990至1992:德克萨斯大学西南医学中心博士后。
1990:获布鲁塞尔大学博士学位。
1982和1985年:获北京大学学士和硕士学位。

主要学术成就
韩家淮教授在世界上率先发现p38信号通路。细胞内存在多条信号通路以介导不同的生物学反应。p38信号通路是细胞内最重要的信号通路之一，它在许多生物学反应包括细胞周期调控、细胞增殖、发育、分化、衰老、凋亡、免疫反应及肿瘤发生中起重要作用。韩家淮教授领导的实验室在p38信号通路的研究领域一直保持世界领先地位。 迄今已在世界主流学术刊物上发表论文200余篇。韩家淮教授的研究成果将会有助于我们进一步了解传染及免疫性疾病、心血管疾病和癌症发生的分子机理，从而为预防治疗这些人类顽疾提供一些新的思路和方法。

主要研究兴趣
生物体内存在着抵御外界感染与侵害，清除内部病变的机构--免疫系统。免疫的功能可分为先天性免疫和获得性免疫，韩家淮教授的研究重点是在先天性免疫系统中细胞内信号的传导。

研究方向包括：
1.炎症反应及免疫性疾病的分子机制；
2.应激（如辐射、许多化学致癌物、病原体感染、炎症因子与基因突变等）反应与癌症发生以及其它疾病的关系。