Nature子刊：最新发现3000多个LncRNA

最近，加州大学（UCLA）洛杉矶分校科学家们，在一部分知之甚少的基因组中发现了超过3000个未知基因。这些基因存在于骨髓和胸腺中的稀有细胞中，让科学家们对“人类免疫系统如何发展”有了一个新的理解。相关研究结果发表在最近的免疫学国际顶级期刊《Nature Immunology》。

　　

生物通报道：最近，加州大学（UCLA）洛杉矶分校Eli and Edythe Broad再生医学和干细胞研究中心的科学家们，在一部分知之甚少的基因组中发现了超过3000个未知基因。这些基因存在于骨髓和胸腺中的稀有细胞中，让科学家们对“人类免疫系统如何发展”有了一个新的理解。相关研究结果发表在最近的免疫学国际顶级期刊《Nature Immunology》。

本文共同资深作者、UCLA Broad干细胞研究中心联合主任Gay Crooks指出：“我们发现的基因，被称为长非编码RNA（LncRNAs）。它们包含有我们基因组中的大部分“暗物质”，因为不同于十分熟悉的信使RNA基因，它们不产生蛋白质。LncRNA的功能虽不知名，但越来越明显的是，它们不是惰性的；它们在控制其他基因功能的过程中，发挥关键作用。”延伸阅读：国际知名学者综述：LncRNA分类。

研究人员使用UCLA Broad干细胞研究中心最先进的细胞分离和基因测序技术以及先进的生物信息学，来鉴定难以捉摸的LlncRNA基因。这个研究小组是由Crooks、共同资深作者、Chintan Parekh（现在在儿童医院洛杉矶）和第一作者David Casero带领完成的。

研究人员从成人骨髓和胸腺组织中分离出罕见的造血干细胞和祖细胞。然后，他们用测序技术分离细胞中的遗传信息。最后，Casero应用生物信息学——使用复杂软件来收集和了解生物数据的一种方法，来识别和分析细胞中的LncRNAs。

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UCLA病理学和实验室医学系的助理研究员Casero说：“我们的研究结果是令人兴奋的，因为它们为整个免疫学研究领域，提供了一个巨大的、独特的资源。我们现在能够深入探讨免疫细胞发育每个阶段上最重要的特定lncRNA基因，并了解它们如何单独和共同起作用，来控制这个过程。”

LncRNA的发现是独特的，因为它们不产生蛋白质，不同于其他研究中已被研究更彻底的基因。虽然该研究小组研究的干细胞和祖细胞，构成了骨髓和胸腺的不到百分之1，但是它们包含的基因，对于产生免疫系统的细胞，是至关重要的。

Crooks也是David Geffen医学院和UCLA儿童发现和创新研究院的教授，他说：“如果我们能了解生命过程中免疫系统是如何产生并维持的，我们就可以找到某种方法，提高免疫细胞的生产，用于化疗、放疗和骨髓移植后的治疗方法，或用于治疗HIV感染者和遗传性免疫缺陷患者。此外，通过了解控制这个过程的基因，我们可以更好地了解在癌症中它们是如何改变的，如白血病和淋巴瘤。”

（生物通：王英）

生物通推荐原文摘要：
Long non-coding RNA profiling of human lymphoid progenitor cells reveals transcriptional divergence of B cell and T cell lineages
Abstract: To elucidate the transcriptional 'landscape' that regulates human lymphoid commitment during postnatal life, we used RNA sequencing to assemble the long non-coding transcriptome across human bone marrow and thymic progenitor cells spanning the earliest stages of B lymphoid and T lymphoid specification. Over 3,000 genes encoding previously unknown long non-coding RNAs (lncRNAs) were revealed through the analysis of these rare populations. Lymphoid commitment was characterized by lncRNA expression patterns that were highly stage specific and were more lineage specific than those of protein-coding genes. Protein-coding genes co-expressed with neighboring lncRNA genes showed enrichment for ontologies related to lymphoid differentiation. The exquisite cell-type specificity of global lncRNA expression patterns independently revealed new developmental relationships among the earliest progenitor cells in the human bone marrow and thymus.