中国科学家Nature子刊发表GWAS研究新文章

　　

生物通报道 来自天津医科大学、南京医科大学、复旦大学等10多家机构的研究人员，采用全基因组关联研究（GWAS）筛查了与中国汉族妇女上皮性卵巢癌（epithelial ovarian cancer,EOC）相关的易感位点，研究结果发表在8月19日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。

天津医科大学的陈可欣（Kexin Chen）教授、华中科技大学的马丁（Ding Ma）教授、中山大学的贾卫华（Weihua Jia）教授、南京医科大学的沈洪兵（Hongbing Shen）教授，以及复旦大学的魏庆义（Qingyi Wei）教授是这篇论文的共同通讯作者。

卵巢癌是女性生殖器官常见的肿瘤之一,发病率仅次于子宫颈癌和子宫体癌而列居第三位,每年全球卵巢癌的新发病例为19万例。卵巢癌有起病隐匿，早期不易发现，易转移，预后差等特点，5年生存率仅25%左右。上皮性卵巢癌是卵巢恶性肿瘤中最常见、恶性程度及死亡率最高的类型。

在这篇文章中，研究人员对中国汉族妇女展开了三阶段的GWAS研究。在第一阶段，他们在1,057名上皮性卵巢癌患者以及1,191名对照人群中对900,015个SNPs进行了筛查。随后又在第二阶段的960名上皮性卵巢癌患者以及1,799名对照人群，以及第三阶段492名上皮性卵巢癌患者及1,004名对照者中对41 个SNPs进行了重复验证。

最终，研究人员鉴别出了两个新的上皮性卵巢癌易感位点：9q22.33 (rs1413299 in COL15A1, Pmeta=1.88 × 10−8)和10p11.21 (rs1192691 near ANKRD30A, Pmeta=2.62 × 10−8)；并重复发现了之前鉴别出的两个位点：12q14.2 (rs11175194 in SRGAP1, Pmeta=1.14 × 10−7)和9q34.2 (rs633862 near ABO and SURF6, Pmeta=8.57 × 10−7) (P<0.05 in all three stages)。这些研究结果增进了我们对于上皮性卵巢癌遗传易感性的认识。

最近几年，GWAS作为寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法，在人类医学、遗传学领域中发展迅速。它通过芯片技术高通量检测全基因组的数百万个遗传标签，在大样本量病例—对照中寻找差异，并通过大样本量病例—对照（通常数千甚至数万对）的独立验证，最后明确疾病相关等位基因或位点。目前，全基因组关联研究被公认为是鉴定复杂性疾病遗传易感基因的重要方法。

本月，中国的科学家们在Nature子刊杂志上接连发表了多项GWAS相关研究成果。来自重庆医科大学、电子科技大学等机构的研究人员，通过GWAS鉴别出了伏格特小柳原田综合征(Vogt-Koyanagi-Harada syndrome ，VKH)新风险位点。提供了关于VKH综合征遗传学和生物学的一些新见解（延伸阅读：重庆医科大学Nature子刊发表GWAS新成果 ）。

此外，还有来自中国医学科学院、美国国立卫生研究院、新乡医学院等机构的研究人员，针对以往的3项中国人群食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma ,ESCC)全基因组关联研究进行联合分析，鉴别出了一些新的ESCC易感位点以及ESCC高风险的太行山区域人群所特有的一个新位点。这为我们更深入地了解食管癌的发病机制，为食管癌高危人群预警、早期诊断、个体化预防和治疗以及新型高效药物的筛选提供了理论依据和分子靶标。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Genome-wide association study identifies new susceptibility loci for epithelial ovarian cancer in Han Chinese women

Ovarian cancer is the leading cause of death from gynaecological malignancies worldwide. Here we perform a three-stage genome-wide association study (GWAS) in Han Chinese women to identify risk genetic variants for epithelial ovarian cancer (EOC). We scan 900,015 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in 1,057 EOC cases and 1,191 controls in stage I, and replicate 41 SNPs (Pmeta<10−4) in 960 EOC cases and 1,799 controls (stage II), and an additional 492 EOC cases and 1,004 controls (stage III). Finally, we identify two EOC susceptibility loci at 9q22.33 (rs1413299 in COL15A1, Pmeta=1.88 × 10−8) and 10p11.21 (rs1192691 near ANKRD30A, Pmeta=2.62 × 10−8), and two consistently replicated loci at 12q14.2 (rs11175194 in SRGAP1, Pmeta=1.14 × 10−7) and 9q34.2 (rs633862 near ABO and SURF6, Pmeta=8.57 × 10−7) (P<0.05 in all three stages). These results may advance our understanding of genetic susceptibility to EOC.