巴西队让一让,最新21.0版microRNA数据库上场了

【字体: 时间:2014年06月30日 来源:联川生物

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  随着巴西世界杯进入激烈的八强争夺赛,microRNA(miRNA)研究首选数据库Sanger miRBase最新21.0版终于在6月26日正式发布了。最新版数据库更新耗时较以往更长,这意味着miRNA数据增加的也比以往更多。新版数据库收录miRNAs总数量已突破35000条,相比上一版本增长近20%,新增4196条发夹前体序列和5441条成熟体miRNAs。

随着巴西世界杯进入激烈的八强争夺赛,microRNA(miRNA)研究首选数据库Sanger miRBase最新21.0版终于在6月26日正式发布了。最新版数据库更新耗时较以往更长,这意味着miRNA数据增加的也比以往更多。新版数据库收录miRNAs总数量已突破35000条,相比上一版本(20.0版)增长近20%,新增4196条发夹前体序列和5441条成熟体miRNAs。新版数据库的可靠性进一步提升,清除了一些不明确的和错误注释的序列,又有72个条目被清理出数据库。

在21.0版数据库中,由于the Genome Reference Consortium (GRC)释放了人类基因组的最新版本GRCh38,miRBase参照最新基因组对人类miRNA数据进行了再次比对,去除了重复的条目,并新增了一部分发夹前体序列。该比对和修正过程进一步提升了人类miRNA数据的真实性。在新版数据库中,新报道了15个物种的miRNA序列,包括Capra hircus [山羊]1,Salmo salar [大西洋鲑],Plutella xylostella [小菜蛾]2等,其中山羊小菜蛾的miRNA数据均来自联川生物承担完成的小RNA测序项目。新增成熟体miRNAs在动物中最具代表性的有Pristionchus pacificus [秀丽线虫]新增451条;Equus caballus [野马]新增330条; Schistosoma mansoni [曼氏血吸虫]新增196条。植物中增长最为突出的是Gossypium raimondii [雷蒙德氏棉]新增292条,Aegilops tauschii [粗山羊草]新增171条,Triticum aestivum [小麦]新增77条。

1. Wu J, Zhu H, Song W, Li M, Liu C, Li N, Tang F, Mu H, Liao M, Li X. (2014) Identification of Conservative MicroRNAs in Saanen Dairy Goat Testis Through Deep Sequencing. Reproduction in Domestic Animals. 49(1):32-40
2. Liang P, Feng B, Zhou X, Gao X (2013) Identification and Developmental Profiling of microRNAs in Diamondback Moth, Plutella xylostella (L.). PLoS ONE 8(11), e78787.

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