PCR芯片分析前如何开展RNA质控[心得点评]

大家都知道，样品中RNA的纯度及整体质量对于后续的实验有重要的影响。PCR芯片分析也不例外。在利用标准或定制的RT² Profiler PCR Array进行基因表达谱分析之前，我们需要对RNA样本进行质量评估。这一简单的步骤增加了real-time PCR结果的可信度，同时也避免了因使用不合格的样品而浪费宝贵的芯片和试剂。

在RNA质控时，我们可遵循以下的标准：

定量：我们可采用NanoDrop或其他的分光光度计，以检测样本中的核酸浓度，蛋白与核酸的比例及是否存在污染，例如有机物/盐离子等污染。在检测过程中请记录样品的浓度，230、260及280 nm的吸光值。不过，这种方法无法评估RNA的完整性。

• 浓度：最佳浓度是100-150ng/uL。如果低于此浓度，可以使用PreAMP system或通过浓缩的方法来提高RNA浓度。也可以通过配套的QIAGEN 过滤柱，减小洗脱体积来实现样品的浓缩。如需样品浓缩方面的帮助，可拨打QIAGEN客户服务热线400-880-0325。
• 260/280比值：这一比值用于反应RNA浓度与蛋白浓度的比值。理想值应当在1.8-2.0，如果比值低于1.8，表明存在蛋白或其他污染
• 260/230比值：这一比值用于反应RNA浓度与共提取污染的比值。理想值应当在1.8-2.2，如果比值低于1.8，表明存在有机物/盐离子等污染。这些污染会影响后续qPCR反应。

RNA完整性检测：我们可通过凝胶电泳或bioanalyzer来分析RNA的完整度，从而保证RNA的质量，防止RNA的降解对后续实验的影响。通过以下标准可评估RNA的完整性：

• 28S/18S比值：>1.5为高质量，1.3-1.5勉强可用，<1.3为较差质量
• RNA Integrity Number (RIN)：> 7为高质量，6-7勉强可用，< 6为较差质量
• RNA完整性的图例：（A）较好，（B）勉强可用，（C）较差

• 凝胶电泳的图例：泳道1，2为较好，泳道3勉强可用，泳道4为较差的质量

了解RT2 Profiler PCR Arrays的更多信息