癌症研究概览5：靶向重测序

外显子组测序

外显子组测序仅仅聚焦1-2%的基因组（编码蛋白的那一部分），因此运行起来没那么昂贵，且更易分析。在孟德尔遗传病上使用这种方法已有许多知名的成功案例。 尽管它产生的序列只有全基因组序列的1/50，但需加入昂贵且费时的DNA富集步骤，费用节省仅为一半左右。在癌症研究中，当基因组重排很普遍时，外显子组测序可能会错过关键突变。

靶向重测序

靶向重测序依据先前已得到的知识聚焦有限的一组基因－癌症相关基因，因此结果相对而言容易解释且更具操作性。包含适当基因的分析试剂盒可用于不同类型癌症，并简化了实验室操作和数据解释。未来更大规模的研究可以展示这一方法具有根据疾病发展、遗传图谱分析、环境影响或其他因素来对患者进行划分的潜质。迄今为止的研究表明，这种方法极有潜力成为一种诊断工具。

Lipson, D., Capelletti M., Yelensky R., Otto G., Parker A., et al. (2012) Identification of new ALK and RET gene fusions from colorectal and lung cancer biopsies. Nat Med

在这项研究中，作者靶定了145个癌症相关基因，并以此做成分析试剂盒在40个结肠直肠癌和24个非小细胞肺癌FFPE样品中进行检测。结果显示59%样品包含此分析试剂盒中的突变，而剩下的患者则不含该分析试剂盒内含的基因突变。后者将成为全基因组测序的良好候选，以扩展癌症相关的基因的分析试剂盒。一小组基因代表了主要的基因突变，但剩余突变的多样性是显著的，这恰恰凸显了分子诊断在对每位患者个性化治疗上的优势。

Illumina测序技术：HiSeq 2000系统，36 bp paired-end reads，229x coverage

Harismendy, O., Schwab R. B., Bao L., Olson J., Rozenzhak S., et al. (2011) Detection of low prevalence somatic mutations in solid tumors with ultra - deep targeted sequencing. Genome Biol 12: R124

作者利用超深度靶向测序筛查了71.1 kb的序列，这段序列包含了42个癌基因的突变位点。在混合DNA样本实验中，对于低丰度突变，灵敏度和特异性分别大于94%和99%。他们将此应用于临床癌症及小鼠异种移植样品的突变谱研究，以评估该方法的分析性能和实效。基于Sanger测序方法，复杂DNA混合样品中检测到的突变丰度被限制在超过20%，而本文展示的分析方法能够轻松检测以5%丰度存在的突变。这将实现异种移植或质量不佳样品的检测，包括带稀有突变克隆、低细胞量或被基质及免疫细胞污染的样品，所有这些在临床样品中都很常见。

llumina测序技术：MiSeq 系统，151 bp paired-end reads

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