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癌症研究概览10:基因组改变和拷贝数变异(CNV)
【字体: 大 中 小 】 时间:2014年12月26日 来源:Illumina
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新一代测序技术为以单碱基分辨率快速确定大量样本中的畸变提供了一套工具。大的样品组让我们能确定基因组改变的频率,并深入了解驱动疾病发展的关键基因和过程。使用这些技术的早期文章让我们初步感受到未来可预见的海量信息。最让人吃惊的现象是每个癌症是那么独特。
基因组改变和拷贝数变异(CNV)
基因组改变是癌症的特征,许多种类癌症携带特有的畸变,它们为疾病的成因和预后提供线索。基因组改变随癌症发展而积累,因此同一个肿瘤中癌症基因组的异质性很常见,也被称为克隆类型。这其中大部分进程目前技术已能观察到,但对从事研究的实验室来讲现有技术仍属费时费力且样品处理量有限。新一代测序技术为以单碱基分辨率快速确定大量样本中的畸变提供了一套工具。大的样品组让我们能确定基因组改变的频率,并深入了解驱动疾病发展的关键基因和过程。使用这些技术的早期文章让我们初步感受到未来可预见的海量信息。最让人吃惊的现象是每个癌症是那么独特。
结构变异影响基因剂量,即可转录基因的功能拷贝数。肿瘤发展和耐药性通常是由潜在的基因扩增和删除驱动的。这些基因组改变可分成大的畸变:如整个染色体或部分染色体的丢失,这称之为非整倍体;小的畸变:可能只跨越一个碱基,如点突变和插入缺失的情况。与健康基因组基因表达的改变受到转录因子的严格调控不同,癌症基因组则通过基因的复制和删除来适应。耐药性的发展正是此反应的速度和效率的绝佳证明。
实验设计上的注意事项:
基因表达
基因表达分析为细胞的分子功能提供线索。基于芯片的mRNA分析曾被广泛使用,以研究癌症中的基因表达。但基于测序的mRNA分析(mRNA-Seq)的出现代表我们测定和解释基因表达产物能力的又一次飞跃,mRNA-Seq检测经过修饰的RNA和表达水平极低的RNA的能力让它特别适合癌症研究。这些方法经过开发,可以检测非常快的转录变化以及选择聚腺苷酸化位点。
实验设计上的注意事项: