两篇文章：转座酶拯救测序短读取

　　

生物通报道：现在绝大多数DNA测序仪生成的是短序列读取。虽然它们的效率很高，但有许多生物学问题是短片段解决不了的，需要更长的序列信息。日前，Illumina公司的Frank Steemers领导研究团队找到了一个简单的解决办法。他们用一种转座酶把短片段暂时结合起来，保留了序列顺序或邻近性（contiguity）。

在基因组DNA上，不同个体的单碱基差异被称作单核苷酸多态性（SNP）。相邻SNP倾向于以一个整体的形式遗传给后代，染色体特定区域的这种相关SNP被称作单体型（haplotype）。

单体分型（Haplotyping）可以帮助人们寻找影响基因功能的遗传变异，进行移植供体和受体配对，理解癌症基因组中的结构变异等等。而邻近性（contiguity）对于单体型分型来说非常重要。

在为测序做准备时，人们常用Tn5转座酶进行DNA片段化和添加接头序列。这种转座子能将序列片段连接起来，直到它们被化学方法去除掉。Illumina团队在这种转座酶的基础上开发了能保留邻近性的CPT-seq，这一技术发表在近期的Nature Genetics杂志上。

在CPT-seq中，研究人员先将DNA大片段的稀释液分成96份，用转座酶添加索引序列，再把它们混合起来重新分配到96个隔室。然后他们把转座酶去除，并通过扩增引入新的索引序列，生成了超过9,200个虚拟隔室。这种双重索引方案只需要三个小时，而且适用于少量的基因组DNA。（延伸阅读：别让样品制备拖了测序的后腿）

研究显示，CPT-seq及其免费分析软件能够分型超过95%的新变异。该方法的错误率很低，每10Mb只出现一两个错误分型。研究人员认为，CPT-seq的各种优势将使单体分型成为临床上的常规操作。

在另外一项研究中，华盛顿大学的Jay Shendure团队与Frank Steemers合作，用CPT-seq解决了基因组从头装配的问题。研究人员将CPT-seq与新算法用到了人类、小鼠和果蝇基因组中。研究显示，CPT-seq可以把未定位的contig锚定在参考基因组上，还能检测出错误装配的序列。这篇文章发表在近期的Genome Research杂志上。

 

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：

Adey, A. et al. In vitro, long-range sequence information for de novo genome assembly via transposase contiguity. Genome Res. doi:10.1101/gr.178319.114 (19 October 2014).

Amini, S. et al. Haplotype-resolved whole-genome sequencing by contiguity-preserving transposition and combinatorial indexing. Nat. Genet. doi:10.1038/ng.3119 (19 October 2014).