深度测序揭示埃博拉病毒何以产生多样性

最近，来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。相关研究结果发表在2014年11月4日的《mBio》。

　　

生物通报道：最近，研究人员发现，RNA编辑会导致埃博拉病毒的mRNA多样性，但是这对病毒来说意味着什么呢？了解更多……

来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。相关研究结果发表在2014年11月4日的《mBio》，在这项研究中，本文资深作者、西奈山伊坎医学院的Christopher Basler发现，在转录过程中病毒聚合酶会停滞在某些特定的基因组位置，并将额外的核苷酸添加到非经典的病毒RNA编辑过程中。

本文第一作者、J. Craig Venter 研究所助理教授Reed Shabman在一份新闻稿中这样说道：“我们的研究表明，埃博拉病毒正在制造一些以前未描述的蛋白质形式。”

研究人员首次在一系列深度测序实验中，发现了这些修饰的病毒RNA，这些实验重点在于理解不同线状病毒的转录、复制和病毒生命周期，包括引起当前西非疫情的埃博拉病毒，和引起2005年安哥拉疾病爆发的相关马尔堡病毒株。测序数据在这些病毒中揭示了一些以前未知的区域，这些区域的共转录（cotranscriptional）编辑可导致非模板编码的残基添加到一些病毒mRNA中，包括编码糖蛋白、核蛋白和聚合酶的mRNA。

我们知道，其他病毒聚合酶也在某些位置停滞，从而产生类似的非模板核苷酸添加物，但是这是第一次在丝状病毒中确定这样一种机制。有趣的是，当作者研究了来自不同疫情爆发区的各种埃博拉病毒时，他们发现，非常规的编辑位点，在不同病毒株之间是高度保守的。

虽然在感染期间病毒产生的mRNA产物具有明显扩大的多样性，但是这些修饰的RNA其所产生的影响和相关性尚不清楚。Basler说：“我们知道这些变化发生，但是我们不知道在病毒生物学中这意味着什么。”他指出，因为对于“病毒如何复制“我们还有很多不了解的方面。因此，我们需要对它们如何成长有一个完整的描述，以开发新的策略来治疗感染。

（生物通：王英）

延伸阅读：NEJM：埃博拉病毒不可能通过空气传播

生物通推荐原文摘要：
Deep Sequencing Identifies Noncanonical Editing of Ebola and Marburg Virus RNAs in Infected Cells
ABSTRACT: Deep sequencing of RNAs produced by Zaire ebolavirus (EBOV) or the Angola strain of Marburgvirus (MARV-Ang) identified novel viral and cellular mechanisms that diversify the coding and noncoding sequences of viral mRNAs and genomic RNAs. We identified previously undescribed sites within the EBOV and MARV-Ang mRNAs where apparent cotranscriptional editing has resulted in the addition of non-template-encoded residues within the EBOV glycoprotein (GP) mRNA, the MARV-Ang nucleoprotein (NP) mRNA, and the MARV-Ang polymerase (L) mRNA, such that novel viral translation products could be produced. Further, we found that the well-characterized EBOV GP mRNA editing site is modified at a high frequency during viral genome RNA replication. Additionally, editing hot spots representing sites of apparent adenosine deaminase activity were found in the MARV-Ang NP 3′-untranslated region. These studies identify novel filovirus-host interactions and reveal production of a greater diversity of filoviral gene products than was previously appreciated.