eLife:“通读”终止密码子非常普遍

【字体: 时间:2014年01月15日 来源:生物通

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  加州大学的Jonathan Weissman教授领导研究团队,评估了果蝇的核糖体通读程度。研究显示,通读现象比人们设想的要普遍得多,影响了成百上千的基因。

  

生物通报道:基因意味着开放性阅读框。在翻译特定基因的mRNA转录本时,从起始密码子AUG开始,以三个碱基为单位进行,直到核糖体遇到终止密码子,才完成蛋白质的延伸。以上这些都是生物教科书里的规则。

不过,人们常说“规则就是用来打破的”,核糖体也不例外。科学家们已经发现了一些“通读”(Read-through)现象,即核糖体对终止密码子完全无视。但此前,人们还从未在蛋白质组的水平上对这一现象进行分析。

加州大学的Jonathan Weissman教授领导研究团队,评估了果蝇的核糖体通读程度。研究显示,通读现象比人们设想的要普遍得多,影响了成百上千的基因。

研究人员利用改良版的核糖体保护分析,来鉴定发生了通读翻译的mRNA。他们用微球菌核酸酶消化带有核糖体的mRNA,并通过二代测序读取实验结果。这一方法可以反映核糖体的多少和核糖体的位置。

研究人员分别对体外培养的果蝇细胞,和0–2小时的果蝇胚胎进行了研究。他们在总共6000个活跃翻译的基因中,鉴定了350个通读事件,几乎占到总数的6%。其中包括少部分“双通读”事件,翻译进一步向3´ UTR延伸。

此外,文章的第一作者Joshua Dunn还分析了酵母和人类成纤维细胞的通读事件,向人们展示了这一过程在真核生物中的普遍性。Weissman解释道,“通读使有限的基因组生成更为多样化的蛋白质组,这是蛋白获得新功能的一个简便途径。”

2007 2011年,麻省理工的Manolis Kellis教授应用生物信息学方法,预测了十几种果蝇的通读翻译,并在进化保守性的基础上鉴定了283个候选基因。

Weissman鉴定的350个通读转录本中,有43个是Kellis预测过的。但这并不意味着其余307个转录本就与功能性无关。因为研究人员发现,不少转录本的通读率在细胞和胚胎中并不相同,说明存在着特殊的调控机制。另外,Dunn50个黑腹果蝇中进一步研究了通读序列的多样性,他发现通读事件更偏好同义改变,说明这一过程存在着选择压力。

Kellis指出,一些通读事件可能比较罕见或者丰度较低,因此并没有在这项研究中体现出来。此外,可能还存在一些随机的非功能性通读。

“从这两个研究看来,基因组中存在许多通读事件,其中只有少部分是保守的,”Kellis说。他预计可能有10%的果蝇基因在翻译时发生了通读。

Weissman指出,通读有助于驱动基因的演化。与所有生物学过程一样,翻译也容易出错,随机发生通读。如果特定基因的通读是有害的,就会被自然选择淘汰。如果通读可以使生物在某些条件下获得竞争优势,就会继续执行通读,充分利用其带来的效果。

 

(生物通编辑:叶予)

参考文献:

1. J.G. Dunn et al., “Ribosome profiling reveals pervasive and regulated stop codon readthrough in Drosophila melanogaster,” eLife, 2:e01179, 2013.

2. M.F. Lin et al., “Revisiting the protein-coding gene catalog of Drosophila melanogaster using 12 fly genomes,” Genome Res, 17:1823–36, 2007.

3. I. Jungreis et al., “Evidence of abundant stop codon readthrough in Drosophila and other metazoa,” Genome Res, 21:2096–2113, 2011.

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