2篇Nature文章:调控基因表达的eRNA

【字体: 时间:2013年06月06日 来源:生物通

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  在发表于本周《自然》(Nature)杂志上的2篇研究论文中,来自加州大学圣地亚哥医学院的研究人员以及同事们,证实一类相对较新的RNA分子具有重要的功能。这项研究工作表明,调控“增强子控制RNAs”(eRNAs)有可能作为改变活细胞中基因表达的一条新途径,或许可以此来影响许多疾病的形成,或改善疾病病状。

  

生物通报道  在发表于本周《自然》(Nature)杂志上的2篇研究论文中,来自加州大学圣地亚哥医学院的研究人员以及同事们,证实一类相对较新的RNA分子具有重要的功能。这项研究工作表明,调控“增强子控制RNAs”(eRNAs, enhancer-directed RNAs)有可能作为改变活细胞中基因表达的一条新途径,或许可以此来影响许多疾病的形成,或改善疾病病状。

增强子是基因组中对邻近基因表达起促进或“增强”作用的DNA序列。它们“通常以一种细胞特异性形式起作用,在确立细胞身份及功能潜力中发挥重要作用,”第一篇Nature论文的课题负责人、加州大学圣地亚哥医学院医学、细胞与分子医学系教授Christopher Glass博士说。

尽管科学家们发现增强子已超过25年,却仍在努力试图充分了解增强子功能的广度和复杂性,以及它们的作用机制。2010年,研究人员发现增强子操控了RNA在神经元和巨噬细胞中大规模表达。这些称之为eRNAs的RNA,不同于其他类型的核非编码RNAs,由此引发了人们对于它们在增强子功能中潜在作用的新疑问。两篇Nature论文试图解答其中的一些问题。

在第一篇Nature论文中,课题负责人Glass和同事们在小鼠巨噬细胞中研究了一对称作Rev-Erb-alpha和Rev-Erb-beta的相关转录抑制子。利用全基因组方法,他们发现在巨噬细胞中Rev-Erb蛋白主要通过结合增强子来抑制了基因表达。与Salk生物研究所的研究人员合作,他们揭示了Rev-Erbs的抑制功能与它们抑制eRNAs生成的能力高度相关。

在第二篇Nature论文中,课题负责人、加州大学圣地亚哥医学院医学系教授、霍华德休斯医学研究所研究员Michael G. Rosenfeld博士以及同事们,检测了人类乳腺癌细胞中的雌激素受体结合,以及它对于增强子转录的影响。与Rev-Erbs的抑制功能相反,雌激素受体(ERs)激活了基因表达;不过和Rev-Erbs一样,它们主要也是通过结合增强子来发挥功能。雌激素受体结合被证实与雌激素诱导基因附近的增强子控制eRNAs增高相关,并且雌激素受体结合发挥了激活编码靶基因的作用。

两篇研究论文提供了新的证据,证实eRNAs大大有助于增强子活性,并由此促进了邻近基因表达。“许多广泛表达的基因在基本细胞功能中起着重要作用,由于它们都处于细胞特异性增强子的控制下,通过抑制eRNAs来影响增强子功能,有可能能够成为体内以细胞特异性方式改变基因表达的一种新策略,”Glass说。Glass联合Isis制药公司开发了一些反义寡核苷酸,证实它们可以抑制增强子的活性,降低邻近基因表达。

(生物通:何嫱)

生物通推荐原文摘要:

Rev-Erbs repress macrophage gene expression by inhibiting enhancer-directed transcription

Rev-Erb-α and Rev-Erb-β are nuclear receptors that regulate the expression of genes involved in the control of circadian rhythm1, 2, metabolism3, 4 and inflammatory responses5. Rev-Erbs function as transcriptional repressors by recruiting nuclear receptor co-repressor (NCoR)–HDAC3 complexes to Rev-Erb response elements in enhancers and promoters of target genes6, 7, 8, but the molecular basis for cell-specific programs of repression is not known. Here we present evidence that in mouse macrophages Rev-Erbs regulate target gene expression by inhibiting the functions of distal enhancers that are selected by macrophage-lineage-determining factors, thereby establishing a macrophage-specific program of repression……

Functional roles of enhancer RNAs for oestrogen-dependent transcriptional activation

The functional importance of gene enhancers in regulated gene expression is well established1, 2, 3. In addition to widespread transcription of long non-coding RNAs (lncRNAs) in mammalian cells4, 5, 6, bidirectional ncRNAs are transcribed on enhancers, and are thus referred to as enhancer RNAs (eRNAs)7, 8, 9. However, it has remained unclear whether these eRNAs are functional or merely a reflection of enhancer activation. Here we report that in human breast cancer cells 17β-oestradiol (E2)-bound oestrogen receptor α (ER-α) causes a global increase in eRNA transcription on enhancers adjacent to E2-upregulated coding genes……

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