南师大：测序揭示小龙虾免疫相关miRNA

近日, 南京师范大学江苏省生物多样性与生物技术重点实验室在期刊Fish & Shellfish Immunology上发表论文。作者在转录组水平对小龙虾受中华鳌蟹螺原体感染后的microRNA（miRNA）表达谱进行了全面鉴定和系统分析。

　　

克氏原螯虾（Procambarus clarkii），俗称“小龙虾”，是存活于淡水中一种像龙虾的甲壳类动物，也叫红螯虾或者淡水小龙虾。小龙虾是甲壳类中分布最广的外来入侵物种，因其杂食性、生长速度快、适应能力强而在当地生态环境中形成绝对的竞争优势，近年来，小龙虾在中国已经成为重要的经济养殖品种。但就是这种坚强的物种，一旦受中华鳌蟹螺原体（Spiroplasma eriocheiris）感染（民间说的抖抖病），死亡率近乎100%，给养殖业造成了严重损失。

近日, 南京师范大学江苏省生物多样性与生物技术重点实验室在期刊Fish & Shellfish Immunology上发表了题为“Transcriptome-wide identification and characterization of the Procambarus clarkii microRNAs potentially related to immunity against Spiroplasma eriocheiris infection”的论文*，欧江涛博士为第一作者，王文教授为通讯作者。作者在转录组水平对小龙虾受中华鳌蟹螺原体感染后的microRNA（miRNA）表达谱进行了全面鉴定和系统分析。

王文教授团队首先采用Illumina/Solexa测序技术对从正常和感染条件下制备的小龙虾血细胞小RNA文库进行测序（小RNA测序由联川生物提供）。通过测序分别从正常和感染的血细胞样本中获取了12,801,827和8,410,455原始reads，对应10,949,754和6,648,161高质量的可比对reads。生物信息学分析确定了195个特异的miRNAs，其中30个是甲壳类动物中保守的miRNAs，48个是小龙虾中新的miRNAs（PN型）（但也存在于其他节肢动物中），117个是完全新的miRNAs（PC型）。33个miRNAs在两个血细胞样本之间表现出显著的表达差异（P＜0.0001）。其中，在中华鳌蟹螺原体感染后，15个miRNAs（45.5%）显著上调，18个miRNAs（54.5%）显著下调。结合比较基因组学和bibliomic分析，在33个已鉴定出的差异表达miRNAs中，19个为中华鳌蟹螺原体感染的小龙虾和中华绒鳌蟹中保守的并且是免疫相关的miRNA；24个为中华鳌蟹螺原体或是白斑综合症病毒（WSSV）感染的小龙虾和日本囊对虾中保守的并且是免疫相关的miRNA。靶基因的功能注释揭示，小龙虾体内广泛的生物过程和信号转导通路受miRNA调节。其中，pcl-miR-34，pcl-miR-7，PN-pcl-let-7，pcl-miR-1，和pcl-miR-2b在脊椎动物和无脊椎动物中是高度保守的，并且在类似的通路中发挥作用。

本研究首次全面鉴定小龙虾miRNA，并对中华鳌蟹螺原体感染后的小龙虾miRNA表达谱进行分析，许多miRNA在正常和感染条件下出现差异表达。该研究结果有助于开发有效免疫保护甲壳类动物免受中华鳌蟹螺原体感染的新控制策略。

* Ou J, Li Y, Ding Z, Xiu Y, Wu T, Du J, Li W, Zhu H, Ren Q, Gu W, Wang W.（2013）Transcriptome-wide identification and characterization of the Procambarus clarkii microRNAs potentially related to immunity against Spiroplasma eriocheiris infection. Fish & Shellfish Immunology [abstract]

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