Science子刊：最完整的人类磷酸酶分子网络图（免费）

磷酸酶（phosphatase）是细胞对环境做出反应过程中至关重要的一类蛋白。现在来自欧洲分子生物学实验室（EMBL）的科学家们，生成了一个免费在线的数据库DEPOD，将使得精确确定磷酸酶在人类细胞中的作用分子变得更加容易。综览它们的相互作用，可能有助于解析药物无法预料的副作用。

　　

生物通报道  磷酸酶（phosphatase）是细胞对环境做出反应过程中至关重要的一类蛋白。现在来自欧洲分子生物学实验室（EMBL）的科学家们，生成了一个免费在线的数据库DEPOD(1.0版本，http://www.DEPOD.org)，将使得精确确定磷酸酶在人类细胞中的作用分子变得更加容易。综览它们的相互作用，可能有助于解析药物无法预料的副作用。这一研究成果发表在5月14日的《科学信号》（Science Signaling）杂志上。

尽管我们知道镊子的一般用途，但有时候却很难分辨一副特殊的精密镊子是一名外科医师还是珠宝商的工具。感谢欧洲分子生物学实验室的科学家们，现在使得解析与之相似的一个生物学难题：磷酸酶变得更为容易，新研究为其他的研究人员提供了一个宝贵的资源。

无论是在你的眼中感受光的刺激，或是在你的血液中抵御疾病，还是在全身其他的部位，细胞都会对它们环境中发生的改变做出反应。但首先，细胞必须要‘了解’到环境发生了改变。在细胞内传递这种信息的其中一种方式，就是通过称作为磷酸根离子的标记，细胞根据所要传送的确切信息，添加或是除去这些特异的分子。而细胞除去磷酸根离子所利用的工具就是磷酸酶。但对于一种特定的磷酸酶对哪些分子（或称作底物）起作用，并不总是显而易见。

该研究的领导者、欧洲分子生物学实验室的Maja Köhn 说：“在磷酸酶研究中最大的挑战之一就是寻找底物，我们的工作为此提供了支持。我们使得猜测磷酸酶与底物之间关系变得更加的容易。”

在这项新研究中，欧洲分子生物学实验室的研究人员绘制出了迄今最为完整的，人类细胞中所有磷酸酶及其底物的图谱。科学家们还根据磷酸酶的三维结构，将它们分成了几个家族。

这一信息使得研究人员能够非常容易地鉴别一个磷酸酶的已知底物，并根据它与其他磷酸酶的相似度提出新的底物。这一网络样的互作概要图甚至有可能帮助解析那些用于干扰磷酸酶或激酶的药物，其无法预料的副作用。为了确保其他人能够建立这样的联系，Köhn和同事们已经构建了一个免费在线数据库DEPOD。

EMBL –欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI) 所长Janet Thornton 说：“当人们获得意料之外的结果，有可能能够在这里找到原因。DEPOD将大量信息组合到一起，可以通过各种方式对其进行探索，不仅磷酸酶研究人员可以利用它，更广泛的研究团体也可以利用到它。”

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Elucidating Human Phosphatase-Substrate Networks

Phosphatases are crucially involved in cellular processes by dephosphorylating cellular components. We describe a structure-based classification scheme for all active human phosphatases that reveals previously unrecognized relationships between them. By collating protein and nonprotein substrates and integrating colocalization and coexpression data, we generated a human phosphatase-substrate network. Analysis of the protein sequences surrounding sites of dephosphorylation suggested that common recognition mechanisms may apply to both kinases and a subset of phosphatases. Analysis of three-dimensional substrate recognition by protein phosphatases revealed preferred domains in the substrates. We identified phosphatases with highly specific substrates and those with less specificity by examining the relationship between phosphatases, kinases, and their shared substrates and showed how this analysis can be used to generate testable hypotheses about phosphatase biological function. DEPOD (human DEPhOsphorylation Database, version 1.0, http://www.DEPOD.org) is an online resource with information about active human phosphatases, their substrates, and the pathways in which they function. The database includes links to kinases and chemical modulators of phosphatase activity and contains a sequence similarity search function for identifying related proteins in other species.