中国学者发表论文：H7N9病毒起源与变异

　　

生物通报道：来自南方科技大学生物系的研究人员发表了题为“Origins and evolutionary genomics of the novel 2013 avian-origin H7N9 influenza A virus in China: Early findings ”的文章，针对从内地权威机构获得的H7N9禽流感病毒基因序列，展开了研究分析，指出新H7N9甲型禽流感病毒是由三种病毒（H9N2，H11N9，H7家族）重组后产生的一个全新的病毒，这种病毒不是由经典的H7N9病毒进化而来，其相似性远不及新H7N9和H9N2、H11N9和H7N3之间的相似性。

这一研究成果公布在国际著名预印本电子文库Arxiv上，据介绍，这是国际公开发表的首篇有关H7N9流感来源的学术论文。此前香港学者在BMJ杂志上发表了题为“H7N9 avian flu infects humans for the first time”的文章。

文章的第一作者和通讯作者为南方科技大学生物系副教授贺建奎，其主要研究成果为复杂网络的模块和分级结构以及流感疫苗的设计。他关于模块进化的工作被美国先进科学协会SWARM分会(AAAS-SWARM)评为2010年杰出论文。

H7N9人感染禽流感近期已成为了公众关注的热点，此前已有分析表明这种致病病毒中编码神经氨酸酶N蛋白的基因可能与2011年韩国，2010年中国江苏，2005年捷克发现的禽流感H11N9病毒相同，而编码血凝素H蛋白的基因则似乎属于一个欧亚系H7禽流感病毒，H蛋白决定了病毒蛋白是否能得到宿主细胞的识别，因此至关重要。这也就是说，这种新病毒可能是通过三种毒株的重组而形成的，不同于2009年度发生甲型H1N1流感病毒——是由人流感，猪流感和禽流感病毒重组形成，H7N9各组件则是全部来自鸟类。

最新研究则指出，这种病毒不是由经典的H7N9病毒进化而来，其相似性远不及新H7N9和H9N2、H11N9和H7N3之间的相似性。而且，这种新型病毒有着很强的变异能力，可能导致它传播感染能力和方式发生变化。

贺建奎等人认为与新H7N9禽流感病毒最接近的病毒多为江浙地区的家禽和野禽，这与此次疫情暴发的地域重合，同时他们推测新H7N9甲型禽流感病毒基因重组的地点可能仍在江浙一带。

具体来说，研究人员对杭州疾控中心和WHO中国流感中心公布的4个新H7N9甲型禽流感基因组进行分析后，发现在4株H7N9禽流感的表面血凝素蛋白基因中，有1株有明显的相对其他3株的变异。在血凝素蛋白的560个氨基酸中存在9个变异。对一般的流感病毒来说，如此短的时间里只会有一两个氨基酸发生变异。

这一研究组也将这种新病毒与欧洲和其他亚洲国家确认的所有H7N9病毒，农业部曾称这些病毒可能是这种新型禽流感病毒的源头相比较后，发现病毒之间的差异性很大。

原文摘要：

Origins and evolutionary genomics of the novel 2013 avian-origin H7N9 influenza A virus in China: Early findings

In March and early April 2013, a new Avian-Origin Influenza A (H7N9) Virus (A-OIV) emerged in the eastern China. This virus has caused global concern as a potential pandemic threat. Here we use evolutionary analysis to reconstruct the origins and early development of the A-OIV viruses. We found that A-OIV was derived from a reassortment of three avian flu virus strains, and substantial mutations have been detected. Our results highlight the need for systematic surveillance of influenza in avian, and provide evidence that the mixing of new genetic elements in avian can result in the emergence of viruses with pandemic potential in humans.

作者简介：

贺建奎

贺建奎实验室用物理，统计和信息学的交叉技术来研究复杂的生物系统。我们主要的研究集中于免疫基因组学，个体化医疗，生物信息学和系统生物学。贺建奎实验室将高通量测序应用到免疫细胞受体库的多样性研究，在免疫基因组学(immunome)方面有重要贡献。贺建奎、Jun Sun和Michael Deem一同提出了复杂系统进化中的规律”模式化定律”。模块化定律指出，在变化的环境中和水平基因转移存在的条件下，模块化结构能自发的产生。2011年，贺建奎应邀出版专著 “Modularity: The principle of evolution in complex system”.

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研究领域：
1、免疫基因组库

免疫基因组库测序技术(immune repertoire sequencing)能一次性从一个样本中测出上百万个T细胞受体和B细胞抗体分子的基因序列，从而提供一个全面的和准确的免疫系统状态的描述。免疫基因组库测序技术自2009年在美国斯坦福大学开发出来后迅速广泛应用在临床和基础科研中。贺建奎实验室运用此技术来研究肿瘤浸润T细胞，从中挑选出有效的T细胞作为开发肿瘤疫苗的新方法；通过对自身免疫性疾病的大范围的筛查，找出导致自身免疫的T细胞或者抗体，作为药物开发和治疗的靶点。

2、单细胞基因组研究

每一个细胞都是独一无二的。贺建奎实验室对单个细胞的基因组和转录组进行高通量测序研究，以揭示肿瘤细胞的多样性，胚胎早期发育的分化和神经元细胞的差异。

3、个体化医疗生物信息学

贺建奎实验室开发的“个人基因组解码器软件群”是一系列解读个人基因组中健康信息的软件群，包含的重大疾病风险预测，先天性遗传病携带分析，药物反应相关基因筛查。贺建奎实验室设计了首款具有自主知识产权的全遗传病基因芯片，并开始广泛用于临床和产业化。

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工作经历：

2011年，美国斯坦福大学博士后