PLoS ONE：高通量测序解析嫁接西瓜microRNA组

　　

西瓜是世界上最重要的农作物之一，嫁接法是西瓜生产中试图提高其在生物和非生物胁迫适应中的常用方法，特别是对土传枯萎病。MicroRNAs（miRNAs）是一类内源性非编码小RNA, 参与转录后基因调控，在植物生长，发育和胁迫应答中起着关键的作用。然而，我们对miRNA参与嫁接行为知之甚少。近期，北京市农林科学院国家蔬菜工程技术研究中心许勇教授和浙江大学园艺系农业部园艺植物生长发育与生物技术重点开放实验室张明方教授领衔的团队，利用第二代测序技术（Solexa测序）深入挖掘西瓜嫁接系统中全基因组范围的小RNA群体，并对miRNA组进行了系统研究*，该研究成果发表在近期的PLoS ONE上。

研究者先从两片真叶期的自我嫁接西瓜，西瓜嫁接至葫芦和西瓜嫁接至南瓜的接穗中采集3个样本，测序分别获取了总量为11458476，11614094和9339089的原始Reads，代表了2957751，2880328和2964990条唯一的序列（小RNA测序由联川生物承担完成）。在作者构建的小RNA数据库中鉴定出39个已知miRNA隶属于30个miRNA家族和80个新的miRNA。与自我嫁接西瓜相比， 20个（5个已知miRNA家族的miRNA和15个新的miRNA）和47个（17个已知miRNA家族的miRNA和30个新的miRNA）表达在西瓜嫁接到葫芦和南瓜中显著不同。当西瓜嫁接到不同根茎时，miRNAs表达具有差异，表明miRNA可能在西瓜不同的生物代谢过程中发挥重要的作用，而嫁接可能通过改变miRNA的表达来调节植物的生长发育以及对逆境的适应。

本研究获得的小RNA转录组为嫁接西瓜中miRNA介导调控的分子机制提供了视野。同时，这一结果将为进一步解开嫁接西瓜接穗和根茎中miRNA信息交换的机制，以及其与不同生物过程和环境适应的相关性提供基础。

* Liu N, Yang J, Guo S, Xu Y, Zhang M.（2013）Genome-Wide Identification and Comparative Analysis of Conserved and Novel MicroRNAs in Grafted Watermelon by High-Throughput Sequencing. PLoS ONE 8(2):e57359 [abstract]

获取更多用户研究案例，请访问www.lc-bio.com或拨打免费咨询热线800-857-1452。

了解小RNA测序服务的更多信息

关于联川生物
      
联川生物作为国内最早提供第二代测序技术服务的公司之一，拥有经验丰富的技术团队和一流的生物信息学专家组，可以为研究人员提供包括microRNA测序，数字基因表达谱测序，降解组测序，转录组测序等在内的全转录组水平的第二代测序技术服务。联川生物以您的研究需求出发，为您提供“从数据到科学发现”的个性化测序服务，全力加速您的研究工作。同时，也为您提供基于µParaflo®微流体定制化芯片平台的microRNA表达谱差异分析，提供可靠标准化的数据分析结果。我们是全球首家提供最新Sanger miRBase 19.0版（2012/08发布）microRNA表达谱芯片检测服务的公司。