中国海洋大学发表Nature Methods文章

　　生物通报道：来自中国海洋大学，德州大学奥斯汀分校等处的研究人员发表了题为“2b-RAD: a simple and flexible method for genome-wide genotyping”的文章，发表了关于开发高通量低成本的全基因组SNP筛查与分型新技术，相关成果公布在国际方法学顶级期刊Nature Methods杂志上。

文章的通讯作者分别是海洋大学教育部重点实验室王师教授，以及德州大学奥斯汀分校的Eli Meyer，王师教授也是这篇论文的第一作者之一。王教授是海洋大学2010年“青年英才工程”第一层次引进人才，同年获教育部新世纪优秀人才称号。目前主要从事海洋贝类功能基因组学和分子遗传育种学等研究。

全基因组SNP分型技术是解析全基因组范围内遗传变异与性状关系的核心技术手段，已成为生命科学领域大规模应用基因组信息进行重要性状遗传解析的研发热点。目前已有的相关技术大多依赖于已知基因组信息和芯片技术，只能在少数模式生物中开展研究，且费用昂贵，因而极大地限制了这些技术在众多非模式生物上的应用。

在这篇文章中，研究人员开发了一种新型简单又灵活的分型技术：2b-RAD，这一技术无需预知基因组信息，文库构建快捷，标签密度易于调节，成本低廉，将有助于高通量SNP分型技术大规模地实际应用于非模式生物特别是海洋生物的基因组学研究。

从2b-RAD这一技术命名上就可以看出其采用的是限制性酶切位点相关DNA标记（Restriction site Associated DNA，RAD），这种标记测序方法是一种简化基因组测序技术，首先利用限制性核酸内切酶识别基因组相关位点并进行酶切反应，然后对酶切获得的Tag序列进行高通量测序。这种方法能够显著降低基因组的复杂度，快速、经济地鉴定出成千上万个单核苷酸多态性（SNPs）标记。

2b-RAD采用的是IIB型限制性内切酶酶切，来产生一致性片段进行测序，这些酶（比如 BsaXI和 AlfI）能在基因组DNA上靶标位点上游和下游位点切断，获得统一长度的标记，非常合适于现有新一代测序平台的测序。

为了验证这种方法，研究人员在拟南芥中进行了实验，结果表明2b-RAD的准确性高，所需标记密度调整精细，研究人员认为这种方法特别适合于建立连锁图谱，以及自然群体中遗传变异谱。

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（生物通：张迪）

原文摘要：

2b-RAD: a simple and flexible method for genome-wide genotyping

We describe 2b-RAD, a streamlined restriction site–associated DNA (RAD) genotyping method based on sequencing the uniform fragments produced by type IIB restriction endonucleases. Well-studied accessions of Arabidopsis thaliana were genotyped to validate the method's accuracy and to demonstrate fine-tuning of marker density as needed. The simplicity of the 2b-RAD protocol makes it particularly suitable for high-throughput genotyping as required for linkage mapping and profiling genetic variation in natural populations.

作者简介：
王师，男，1979年10月生。博士，教授。

学习工作经历
1998.9~2002.7，中国海洋大学，学士学位，海洋生物技术与计算机科学双专业
2002.9~2007.7，中国海洋大学，博士学位，遗传学专业，研究方向: 扇贝分子遗传学
2007.9~2009.10，美国得克萨斯大学奥斯汀分校，博士后，研究方向: 珊瑚遗传基因组学
2009.11~2010.12，美国得克萨斯大学奥斯汀分校，博士后，研究方向: 酒精成瘾的分子机理
2011.1至今，中国海洋大学，教授，研究方向: 扇贝基因组学与分子遗传育种

学术方向与成果
研究方向主要集中在海洋贝类功能基因组学和分子遗传育种学等领域。在海洋无脊椎生物的高通量低成本SNP分型技术开发，高精度遗传连锁图谱构建，共表达基因网络研究，以及基因组进化等方向上均有开创性工作及标志性的研究成果。研究成果陆续发表在国际知名期刊上，如Nature Methods, Journal of Neuroscience, Genome Biology等。迄今为止，已在主流SCI学术刊物上发表SCI论文30余篇，文章被他引230余次，其中第一或通讯作者SCI论文15篇（SCI 1区收录2篇，2区收录7篇）。

科研项目
(1) 扇贝高通量低成本SNP标记分型技术的开发及应用，中国海洋大学青年英才工程支持计划，2011.1~2013.12，主持；
(2) 栉孔扇贝高精度遗传连锁图谱的构建(NCET-10-0761)，2011.10~2013.12，教育部新世纪优秀人才支持计划，主持；
(3) 养殖扇贝重要经济性状QTL精细定位及相关基因功能研究(31130054)，2012.1~2016.12，国家自然科学基金重点项目，第2位；
(4) 基于全基因组信息的贝类遗传选育(2012AA10A405)，2012.1~2015.12，“十二五”863计划重大课题，主持。