癌症研究免费资源：儿童癌症基因组数据

　　

生物通报道：儿童癌症基因组计划（The Pediatric Cancer Genome Project）是由美国圣犹大儿童医院-华盛顿大学主导进行，于2010年早期启动，是世界上最大的分析儿童癌症遗传起源的项目，在过去三年时间里，这一计划耗资约6500万美元。

前文： Nature全球最大规模癌症基因组数据公布

目前Nature Genetics杂志公布了这一计划的首批成果，并免费开放：www.ebi.ac.uk/ega/organisations/EGAO00000000046。除此之外，今年早期，这一研究组还在Nature杂志上利用全基因组测序方法，分析了一种重要儿童白血病的遗传机制，并提出了一种有助于该疾病治疗的新型定向治疗方案。这是首次针对儿童癌症基因组分析获得的系列重大成果。

公布的数据包含520个基因组序列包含260个儿科癌症患者的肿瘤样品，以及相应对照的正常样品，儿童癌症基因组计划希望能到今年年底，完成1200个基因组序列的测定。研究人员分析了这些基因组数据，找出每个儿童正常和癌变细胞中的差别，从而了解最致命儿童癌症中超过一半以上的致病原因。

虽然大多数癌症基因组最初只聚焦于基因，但这只是基因组中的一小部分，儿童癌症基因组计划的研究人员则采取了一种不同的方法，他们进行的全基因组测序，对每个病人肿瘤样品进行全部DNA的测定，这将能提供更丰富，更全面的，有关每位病患疾病发生与发展的DNA变化全景图。

华盛顿大学医学院基因组研究院主任，Richard K. Wilson博士说，“任何人都可以看出，这种方法价值更大”，“我们已经在许多患者癌细胞中，找到了一些不同寻常的‘神秘’变化，这是我们利用其它方法无法发现的，我们很乐意能分享这些数据，希望其他研究人员能在我们最初发现的基础上，获得更多成果。”

儿童癌症基因组计划目前已经在一些恶性儿童癌症，比如视网膜癌，脑癌，以及白血病等方面获得了重要的发现，这些成果陆续公布在一些顶级国际科学期刊上。

比如项目研究人员发现了使儿童眼视网膜母细胞瘤具有攻击性的机制——Dyer将全基因组测序结果与额外测试整合，其中额外测试是观察肿瘤与正常组织中基因活跃模式的不同。研究人员特别地关注了那些突变后能促发癌症发生的基因。

这些些基因中包括SYK基因，它是正常血液发育所需要的，与其他癌症相关。靶向SYK蛋白的药物已在临床上用于治疗白血病和类风湿性关节炎患者。

SYK基因在正常眼睛发育中不发挥作用。当研究人员在正常和视网膜母细胞瘤组织中检查SYK蛋白水平时，他们在82个肿瘤样本中发现高水平的蛋白质，在正常组织中却没有发现。因此这项研究指出了一种针对罕见儿童视网膜肿瘤可能的治疗方法与新治疗靶标。

另外这一研究项目组还测序分析了12位圣犹大ETP-ALL病患的基因组，以及健康对照组的基因组，在另外94位患有ETP-ALL或者其它类型的T细胞ALL小患者样品中，筛查同样的突变。结果他们发现了只在ETP-ALL病患样品中出现的突变，这将研制这一疾病的遗传检测识别方法，以及治疗新靶标提供了依据，也有助于开发更积极的定向治疗方法。

“没有儿童癌症基因组进行，就无法取得这些发现”，Downing说，他表示这些发现将有助于找到针对高危癌症的治疗方法，这一项目也证明了，在儿童癌症和成人癌症之间存在显著差异，因而强调出专门用于儿童癌症的治疗方法的重要性。

（生物通：张迪）

原文摘要：

The Pediatric Cancer Genome Project
The St. Jude Children's Research Hospital–Washington University Pediatric Cancer Genome Project (PCGP) is participating in the international effort to identify somatic mutations that drive cancer. These cancer genome sequencing efforts will not only yield an unparalleled view of the altered signaling pathways in cancer but should also identify new targets against which novel therapeutics can be developed. Although these projects are still deep in the phase of generating primary DNA sequence data, important results are emerging and valuable community resources are being generated that should catalyze future cancer research. We describe here the rationale for conducting the PCGP, present some of the early results of this project and discuss the major lessons learned and how these will affect the application of genomic sequencing in the clinic.