Nature：大型乳腺癌分子图谱

　　

生物通报道  近日来自加拿大卑诗癌症中心和英属哥伦比亚大学的科学家们开展了全球最大规模的乳腺癌组织研究，发现了新的乳腺癌基因，这将有可能改变该疾病的诊断方式，并为新一代个体化癌症治疗奠定了基础。相关研究论文发布在4月18日的《自然》（Nature）杂志上。

研究人员基于肿瘤的遗传指纹将这一疾病重新分为了10个全新的类型。其中的大量基因使得研究人员获得了对乳腺癌生物学更深入的了解。医生可基于此来预测肿瘤是否会对某种特定的治疗产生反应，肿瘤是否有可能扩散到身体的其他部位，以及是否有可能复发。

研究的共同负责人Sam Aparicio 博士说：“这标志着科学家们向构建乳腺癌的遗传百科全书迈进了重大的一步，在此过程中我们了解到存在着比我们想象的要多得多的乳腺癌亚型。这一乳腺癌新分子图谱为我们指出了乳腺癌治疗的大量新药物靶标，并明确了将受益最多的患者群。这一研究的规模是空前的，使我们深入地了解了这一疾病，例如免疫反应的作用，将进一步推动其他途径的研究。”

在这篇文章中，研究人员对5-10年确诊患有乳腺癌妇女的2000份肿瘤样品进行了DNA和RNA分析。庞大数量的肿瘤测定使得研究人员在数据中发现了新模式。

研究里程碑式成果：

根据共同的遗传特征将乳腺癌重新分为10种亚型，并与生存期呈相关性。这种新分类有可能会改变乳腺癌患者个体化药物治疗的方式。

发现了一些从前未知与乳腺癌有关的全新基因。这些驱动乳腺癌的基因可作为新药开发的靶标。此信息将提供给世界各地所有致力推动药物发现和开发的科学家们。

揭示了这些基因与已知细胞信号通路之间的关系——调控细胞生长和分裂的网络。基于它科学家们可确认这些基因缺陷通过破坏重要的细胞过程而致癌症的机制。

这是在数周内卑诗癌症中心科学家们取得第二大突破性研究成果。在本月4日的Nature杂志上，由Sam Aparicio博士领导的一个研究小组公布了史上最大规模的三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer, TNBC)遗传分析研究，他们通过对超过100种三阴性乳腺癌的肿瘤样品绘制基因组，解开了这种最致命的乳腺癌的遗传密码，揭示了该疾病难于治疗的根源（Nature：大规模绘制乳腺癌基因组 ）。最新研究与此前的论文相互映照，揭示了乳腺癌相关的新基因，并明确指出乳腺癌事实上是许多独特疾病的一个总称。

新研究大大改进了科学家们开展进一步研究和临床试验的途径，为开发出新的治疗策略和特异基因靶向药物提供了跳板。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups

The elucidation of breast cancer subgroups and their molecular drivers requires integrated views of the genome and transcriptome from representative numbers of patients. We present an integrated analysis of copy number and gene expression in a discovery and validation set of 997 and 995 primary breast tumours, respectively, with long-term clinical follow-up. Inherited variants (copy number variants and single nucleotide polymorphisms) and acquired somatic copy number aberrations (CNAs) were associated with expression in ~40% of genes, with the landscape dominated by cis- and trans-acting CNAs. By delineating expression outlier genes driven in cis by CNAs, we identified putative cancer genes, including deletions in PPP2R2A, MTAP and MAP2K4. Unsupervised analysis of paired DNA–RNA profiles revealed novel subgroups with distinct clinical outcomes, which reproduced in the validation cohort. These include a high-risk, oestrogen-receptor-positive 11q13/14 cis-acting subgroup and a favourable prognosis subgroup devoid of CNAs. Trans-acting aberration hotspots were found to modulate subgroup-specific gene networks, including a TCR deletion-mediated adaptive immune response in the ‘CNA-devoid’ subgroup and a basal-specific chromosome 5 deletion-associated mitotic network. Our results provide a novel molecular stratification of the breast cancer population, derived from the impact of somatic CNAs on the transcriptome.