“U盘”上的基因组测序[新品推荐]

GridION节点包含了一次性的cartridge，上有2000个纳米孔，能够在24小时内处理几十Gb的序列数据。多个节点可相互连接，实现更强大的处理能力。一次性的MinIon特有500个纳米孔，价格低于900美元。尽管Oxford还未对GridIon定价，但预计每Gb的成本与其他系统更具竞争力。

不久前，Oxford Nanopore Technologies（以下简称Oxford）发布了两款DNA测序仪，高通量的GridION单元和U盘大小的便携式MinION单元。

在基因组生物学技术进展年会（AGBT）上，Oxford宣布这两款仪器将于今年下半年上市。这两款测序系统采用纳米孔测序。一种专利的酶将DNA/RNA链拉过特殊设计的纳米孔。同时，电子芯片检测到电流的破坏，以此识别每个不同的碱基。每个碱基ATGC以及甲基胞嘧啶都有自己特有的电流振幅，因此很容易转化成DNA序列。在此次会议上，公司代表展示了他们的成果，48 kb的λ噬菌体基因组可作为一个完整的片段测序。

MinION纳米孔测序仪（来源：Oxford Nanopore）

纳米孔芯片以每秒每孔20-400个碱基的速率处理DNA，这比现有的测序系统要快得多。然而，系统错误率也较高，大约在4%。在产品正式推出之前，公司将开发更好的纳米孔，力求将错误率降低至0.1-2%。

GridION节点包含了一次性的cartridge，上有2000个纳米孔，能够在24小时内处理几十Gb的序列数据。多个节点可相互连接，实现更强大的处理能力。一次性的MinIon特有500个纳米孔，价格低于900美元。尽管Oxford还未对GridIon定价，但预计每Gb的成本比其他系统更具竞争力。

如此平价的测序技术可能彻底改变诊断医学。加州大学圣克鲁兹分校生物分子工程学的David Deamer教授认为：“我们可以扫描患者，并发现他们带有哪些病毒或细菌。” Deamer教授在20多年前就有了纳米孔测序的想法，并与哈佛大学的另两名教授Daniel Branton和George Church联合申请了专利。

不久之后，Deamer与美国国家标准技术研究所的物理学家John Kasianowicz以及另一位生物化学家Hagan Bayley合作。在1996年发表在《美国科学院院报》（PNAS）上的一篇文章中，研究小组介绍了纳米孔测序技术。2005年，Bayley联合技术专家Gordon Sanghera创立了一家公司，这就是Oxford Nanopore Technologies。Deamer教授现为该公司的顾问。

Gordon Sanghera现任Oxford Nanopore的CEO。他表示：“我们设计的MinION和GridION系统具有一系列新特性。纳米孔非常适合简单的的样品制备和新型的信息学流程，系统可设置为运行实验，直到收集了足够数据，才来总结实验。”

Oxford Nanopore希望到2013年，整个人类基因组的测序能在15分钟内完成。那将需要20个GridION节点，每个带有8000个纳米孔。Deamer教授表示：“我认为这是可以实现的。如果他们不是非常确信，他们就不会给出这样的承诺。”（生物通 薄荷）