我的样本，我的研究。MiSeq个人测序系统[新品推荐]

人类已经无法阻止Illumina了。最新的HiSeq 2000测序仪已经实现了每次运行产生600 Gb的数据量。据说，在1-2年内，通量还将进一步提高，每次运行将产生1000 Gb的数据。此外，在高通量测序市场上，Illumina占据了近7成的市场份额，成为近几年生物科技领域的最大赢家。

从最初的Genome Analyzer，到Genome Analyzer IIx，再到最近的HiSeq 1000和2000，测序仪的通量在不断攀升，发表文献数量也屡创新高。然而，并非每个实验室都需要如此高通量的测序仪。对于很多实验室来说，即使买了，也没有足够的样品让仪器满负荷运行。Illumina当然也考虑到这个问题，于是在今年初推出了个人型测序平台——MiSeq系统。

MiSeq个人测序系统采用Illumina久经考验的TruSeq™边合成边测序技术，但售价要低得多。它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行能产生超过1 Gb的数据，且占地面积仅为2平方英尺。MiSeq有着革命性的流程和无可比拟的准确性，这让它成为快速且经济高效的遗传分析的理想平台，适合广泛的应用。 

久经考验的新一代测序试剂

MiSeq系统特有全新的射流结构，能使试剂循环时间缩短5倍。以Illumina久经考验的边合成边测序技术为基础，通过专利的可逆终止试剂方法对数百万个片段进行大规模平行测序，在单个碱基掺入增长的DNA链时检测它们。当每个dNTP加入时对荧光标记的终止子成像，随后切割，允许下一个碱基的掺入。由于每个测序循环中四种可逆终止子结合的dNTP都存在，所以自然竞争让掺入偏差最小化。根据每个循环的信号强度测定直接检出碱基，与其他技术相比大大降低了原始错误率。最终结果是高度准确的base-by-base测序，避免了序列内容特异的误差，实现了可靠的碱基检出，即使是那些重复序列区和均聚物。由TruSeq技术推动的Illumina测序带来了最高的数据完整性，以及最高产量的无偏差读取和最多的>Q30碱基检出。

革命性的测序流程

MiSeq提供了最简单的新一代测序流程。以低至50 ng的起始DNA制备文库，时间不到2小时。通过直观的触摸屏界面开展简单的仪器操作，即插即用的试剂带有RFID追踪，具有自动化的便利。小巧、一体化的MiSeq平台整合了簇生成，末端配对测序和完整的数据分析，不再需要辅助性设备，节省了宝贵的实验室台面空间，也降低了初期投入的成本。

快速的周转时间

有了MiSeq，您能在几小时而不是几天内获得结果。两小时内制备您的测序文库，然后放入MiSeq，开展1小时的克隆扩增和最快3小时的测序。最后，在内置的仪器计算机上开展完整的数据分析，从质量打分的碱基检出到变异体检出和比对，不到2小时即可完成。

最广的应用范围

让MiSeq带您傲游广阔的测序天地吧。有了它，您既可以开展快速、经济高效的毛细管电泳（CE）测序应用，包括扩增子测序、克隆检查和小基因组测序；也有机会实现高效的新一代测序应用，如高度多重的PCR扩增子测序、定向重测序、ChIP-Seq、小RNA测序，以及更多。对于目前的新一代测序用户，可利用MiSeq系统以一小部分的时间和费用完成小型项目。Illumina近期也发布了一些MiSeq的应用指南。

扩增子测序1

研究人员从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的配对肿瘤/正常样本的基因组DNA中扩增得到KRAS癌基因外显子2区域的扩增子，并利用MiSeq对其测序。在单个MiSeq运行中，观察到每个扩增子的覆盖度超过15万倍，足以检测即使是高度降解DNA中接近检测极限（~ 0.5%）的变异。

在本研究中，他们对五个扩增子进行了多重分析，并以极深的覆盖度测序。MiSeq仪器上的测序运行能够生成最多500万个簇，最多同时容纳48个样本的48个带索引的扩增子，产生平均2,500×的覆盖度。本研究中的KRAS扩增子长度为76 bp。MiSeq平台能够产生重叠的末端配对读取，以创建融合读取，覆盖最长300 bp的扩增子。然而，由于FFPE DNA的高度降解性质，Illumina建议使用200 bp以下的FFPE扩增子。

研究人员认为，MiSeq仪器上的测序结果是极其准确的，因为过滤掉了预测准确率低于Q30的数据。对于此数据组，原始读取准确率为99.8%，且平均背景噪音极低（<0.25%）。扩增子测序的结果清晰表明了低丰度变异的可靠检测，这是癌症突变研究的关键要求。

de novo细菌基因组测序2

研究人员还在HiSeq 2000和MiSeq平台上对从大肠杆菌参考菌株制备而来的同一个文库进行测序，以及de novo装配。

利用Illumina的 TruSeq样品制备试剂，将基因组DNA制备成测序文库。对于MiSeq仪器上的测序，将样品放在试剂槽内，并与流动槽一起上样至仪器中。所有后续步骤在MiSeq仪器上自动进行，包括簇生成和2×150 bp的末端配对测序。在HiSeq流动槽上，利用cBot和TruSeq v3 clustering 试剂将K 12 MG1655库制备成簇，接着在HiSeq仪器上开展2×100 bp的末端配对测序。

对于HiSeq和MiSeq测序仪上的数据比较，利用CASAVA 1.8a5离线分析两组碱基检出文件，并利用Velvet完成de novo装配。结果显示，两个平台都产生了高质量数据（85%以上的碱基高于Q30）和均衡的GC覆盖。用这些数据进行de novo装配也产生了相似的结果，极好地覆盖了参考基因组。

他们认为，MiSeq系统上产生的测序结果很好地预测了高通量HiSeq 2000测序平台所带来的结果，让MiSeq成为试行大规模研究或开展需要速度和准确性的独立实验的理想选择。（生物通 余亮）

MiSeq系统的初步性能参数3

读长	扩增和测序的总时间*	产量
1×35 bp	4小时	>120 Mb
2×100 bp	19小时	>680 Mb
2×150 bp	27小时	>1 Gb
读取	>340万个通过过滤的簇，以及>680万个末端配对读取
性能	对于1×35 bp的运行，90%以上的碱基高于Q30 对于2×100 bp的运行，80%以上的碱基高于Q30 对于2×150 bp的运行，75%以上的碱基高于Q30

* 包含末端配对读取，如果适用。
注：所有性能参数都是初步的，有可能更改。以Illumina官方网站公布的为准。

参考资料

1. http://www.illumina.com.cn/systems/miseq/amplicon.asp
2. http://www.illumina.com.cn/systems/miseq/ecoli.asp
3. http://www.illumina.com.cn/systems/miseq.asp