单分子测序技术助力欧洲大肠杆菌研究[创新技巧]

在欧洲这场与大肠杆菌O104:H4的持久战中，各大品牌的测序仪都先后发挥了作用，让人们能够快速找到肇事元凶。近日，第三代测序仪制造商Pacific Biosciences宣布，它利用单分子实时（SMRT™）技术完成了大肠杆菌O104:H4菌株的de novo序列拼接，并对11个相关的菌株进行了测序，用于比较分析。

这个研究小组由PacBio的首席科学官Eric Schadt博士领导，包括丹麦和美国一些大肠杆菌和传染病方面的顶级专家。他们合作开展了快速测序项目，以便为此菌株的起源提供更全面的信息。数据是利用Pacific Biosciences较早发布的试剂和软件版本产生的，包括德国疫情菌株的完整拼接，与其他疫情的菌株比对，以及11个相关大肠杆菌的序列。

Schadt博士介绍，利用合作者提供的样本，他们用PacBio RS的标准步骤对每个菌株进行了测序，从样本制备到测序结果，平均只需8小时。平均读长为2,900 bp，而最长的读长达到7,800 bp，再结合circular consensus sequencing，实现了非常高的单分子准确性。这样，他们无需构建文库或开展PCR，就能实现完整的拼接。

此项目证实了PacBio在复杂微生物病原体的de novo拼接中的能力，以及PacBio RS在多个基因组快速测序上的威力，这些有助于阐明病原体微生物的进化史。

丹麦Statens Serum研究所的Karen Angeliki Krogfelt教授评论道：“这些高质量的数据将为科学家提供有关菌株特征的更多信息。病原体的更全面进化分析将协助鉴定出抗生素耐药性的标志物，以便在未来出现相关菌株时使用。”

今年4月，Pacific Biosciences开始正式发售第三代测序仪PacBio RS。据Pacific Biosciences的CEO Hugh Martin介绍，他们将会在今年第四季度对PacBio RS进行重要升级，预计性能会有显著提升。尽管仍未完全优化好，但目前已经能够产生相当不错的数据：平均读长为2,700 bp，其中5%读长超过5,100 bp；每个SMRT Cell产生最多90 Mb可定位的数据；单分子准确性达93%。

欢迎索取PacBio RS单分子实时测序系统的详细资料

若您对第三代测序技术感兴趣，欢迎参加下周三（2011年7月20日）在上海好望角大饭店举行的全球首个第三代测序技术平台PacBio™ RS的技术交流会。本次交流会由基因有限公司主办，特邀Pacific Biosciences的技术创始人之一Stephen Turner博士现场介绍SMRT™技术的原理和应用，并将通过一些实际案例重点展示该技术的优势所在，例如覆盖深度几乎不受序列中GC含量差异的影响、可以跨越长重复区域以及可加速序列拼接工作的完成等，这对于进一步研究人类基因组以及其它尚未完成的物种基因组具有非常重要的意义。

技术交流会的详情请看：http://www.ebiotrade.com/custom/gene/110708/index.htm。（生物通 余亮）