甲基化DNA的富集 小磁珠立大功[选购宝典]

两个遗传上完全相同的双胞胎，他们为什么常常有着不同的疾病易感性？黑猩猩的基因组与人类非常相似，但为什么与人的差异那么大？这就是DNA甲基化的魔力。多年来，甲基化被认为在抑制基因表达上扮演了重要角色。尽管甲基化在基因表达上的确切作用仍不清楚，但DNA甲基化对细胞分化和胚胎发育很关键。于是，生物通这一次就将目光投向甲基化检测。

在具体介绍甲基化检测的技术之前，我们先来插一段甲基化DNA的富集。许多研究人员都会在亚硫酸氢盐转化之前富集甲基化的DNA。一来可降低背景，二来也可节约成本。目前有两种基本方法，一个是利用5’-甲基胞嘧啶的抗体来捕获甲基化DNA，即甲基-DNA免疫沉淀（MeDIP）；另一个是利用包含了甲基-CpG结合结构域（MBD）的蛋白来得到同样的结果。

目前市场上的大部分产品都是利用后一种方法。这两种方法的差别在于MeDIP是在单链DNA的背景下特异识别5’-甲基胞嘧啶，而后者更偏爱双链DNA。MBD的另外一个优势是：在利用蛋白酶K将免疫沉淀后的DNA洗脱下来时，MBD2中的甲基化DNA可根据盐梯度而逐步释放。这样，你就能区分不同程度的甲基化DNA。

默克密理博公司的CpG MethyIQuest™ DNA Isolation Kit利用GST-MBD2b蛋白预包被的磁珠来富集甲基化DNA，简单又快速，只需2小时即可完成。CpG MethylQuest MBD蛋白特异性结合甲基化DNA，而不与非甲基化或半甲基化DNA结合，保证了结果的特异性。且不论样本体积是1 ng，还是1 μg，都有出色的表现。点击索取资料

Clontech的EpiXplore Methylated DNA Enrichment Kit采用的也是磁珠法，从全基因组中富集甲基化的DNA。它的操作步骤很灵活，可根据甲基化密度（低、中、高）将甲基化DNA分成三个组分，逐步洗脱，而不是像抗体那样，要么全部，要么没有。

Invitrogen的MethylMiner™ Methylated DNA Enrichment Kit也是类似，可采用多种洗脱方法。包括：1) 使用未稀释高盐洗脱缓冲液进行一步洗脱；2) 使用含蛋白酶 K 的溶液进行一步洗脱；3) 使用浓度递增的 NaCl 缓冲液进行连续阶段洗脱；或 4) 先采用连续梯度洗脱，最后采用蛋白酶K进行处理。点击索取资料

在NEB的EpiMark™ Methylated DNA Enrichment Kit中，甲基化DNA与融合了Fc尾巴的人MBD2a蛋白结合，这个Fc尾巴又与亲水性蛋白A磁珠偶联。每个蛋白A上结合了两个Fc，而Fc片段是二聚体，因此每个蛋白A分子暴露了四个MBD2结构域，使相对平衡系数提高了100倍。这种稳定的复合物能选择性地结合双链甲基化DNA。点击索取资料

ActiveMotif的MethylCollector™ Ultra偶联了MBD2b和MBD3L1，产生出一个异源二聚体蛋白，这样与甲基化-CpG的亲和力也增加了。有意思的是，ActiveMotif还提供一种互补的UnMethylCollector™ kit，利用CXXC结合结构域蛋白富集非甲基化的DNA。

为什么会提供两种互补的产品呢？据ActiveMotif的产品经理介绍，这样是为了让研究人员验证实验结果，现在许多用户都倾向于平行分析。如果MethylCollector没有结果，那么你可以假设样品是未甲基化的，之后用UnMethylCollector，你会得到一个阳性的结果。

以上这些富集工具为后续的高效检测打下了基础。之后，生物通将介绍DNA甲基化检测的各种方法，敬请期待。（生物通 余亮）