Int J Biol Sci：利用下一代测序技术发掘海胆中新microRNA

近日西北农林科技大学刘小林教授领导的团队利用LC Sciences创新的Seq-ArraySM平台首次对S. nudus的microRNA进行了全面深入的研究，共新发现415条海胆microRNA序列，包括345条Deuterostoma保守microRNA和70条海胆特异的microRNA，以及5条microRNA*序列#。

　　

紫海胆（Strongylocentrotus nudus）是一类重要的海洋经济动物，并且是一种重要的模式生物被用于发育细胞生物学，生殖生物学和进化生物学的研究。全面解码海胆的基因组信息具有十分重要的意义。

然而，相比于其他后口动物门（Deuterostomia）的物种，海胆microRNA的研究严重滞后，在最新的Sanger miRBase 16.0版中尚无S. nudus的microRNA信息报道，仅有邻近的S. purpurtus 报道过45条microRNA。

近日西北农林科技大学刘小林教授领导的团队利用LC Sciences创新的Seq-Array^SM平台*（一项综合下一代测序技术，高级生物信息学和µParaflo®定制微阵列芯片技术，并充分发挥三者优势的平台）首次对S. nudus的microRNA进行了全面深入的研究，共新发现415条海胆microRNA序列，包括345条Deuterostoma保守microRNA和70条海胆特异的microRNA，以及5条microRNA*序列#。

科研人员对发现的microRNA的长度分布，末端变异以及基因组位置进行了详细说明，并对microRNA的靶基因进行预测和注释。科研人员利用微阵列定制芯片进一步证实了雌性海胆性腺中100条microRNA的表达。该研究成果为深入阐释海胆microRNA在众多生理过程中发挥的调控作用打下了基础。

*：是一项个性化解决方案，可以在全基因组范围高通量发掘microRNA并检测其表达谱，即使研究物种的microRNA信息有限甚至未知时也同样适用。该技术平台完美综合了下一代测序技术（Next Generation Sequencing），高级生物信息学和专利的µParaflo® 定制微阵列芯片技术，充分发挥了三者的技术优势。点击索取更多资料

# Zhenlin Wei, Xiaolin Liu, Tingting Feng and Chang, Y. (2011). Novel and Conserved Micrornas in Dalian Purple Urchin (Strongylocentrotus Nudus) Identified by Next Generation Sequencing. International Journal of Biological Sciences 7(2), 180-192.[article]

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