NEB推出新型表观遗传学工具[新品推荐]

生物通报道，New England Biolabs (NEB)公司近日推出一套表观遗传学研究工具，旨在简化DNA甲基化分析。这一套基于酶的方案解决了现有方法的一些挑战，包括缺乏一种重复方法，来分析并定量表观基因组中的5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）。

5-甲基胞嘧啶（5-mC）是哺乳动物基因组DNA中主要的表观遗传学标志。5-hmC则是最近发现的表观遗传学修饰。现有技术能够鉴定出基因组DNA中的5-mC，但是却无法区分5-mC和5-hmC。

这一套经过验证的EpiMark™产品包括多种甲基化依赖的限制性内切酶（MspJI、FspEI和LpnPI），它们从整个基因组上切下32 bp的片段。这些片段中包含羟甲基化（5-hmC）或甲基化（5-mC）的残基，可用于进一步的抽提和测序。这种方法比亚硫酸氢盐转换更为温和，且适合整个甲基化组分析。

EpiMark™ 5-hmC and 5-mC Analysis Kit可鉴定并检测特定位点的5-hmC和5-mC。此试剂盒操作简便，只需三步，是市场上第一个定量5-hmC的PCR型分析。它利用T4 β-葡萄糖基转移酶（T4-BGT）在5-hmC的羟基上添加葡萄糖，从而区分5-mC和5-hmC。当5-hmC出现在CCGG的背景下，这种修饰将一个可切割的MspI位点转化成不可切割的。此外，这种方法还能与现有的分析技术兼容，能够扩展到高通量。

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分析过程分以下三步（如下图）：

第1步：糖基化
基因组DNA用T4-BGT处理，让所有5-hmC糖基化，产生5-ghmC。这个反应是序列无关的，因此所有5-hmC都将糖基化，未修饰或5-mC DNA则不受影响。

第2步：限制性内切酶消化
MspI和HpaII识别相同的序列（CCGG），但是对不同的甲基化状态敏感。HpaII只切割完全未修饰的位点，胞嘧啶上的任何修饰（5-mC、5-hmC或5-ghmC）都阻碍切割。MspI则识别并切割5-mC和5-hmC，5-ghmC除外。

第3步：PCR分析
用引物扩增实验的靶DNA和对照的靶DNA。如果CpG位点含有5-羟甲基胞嘧啶，那么糖基化和消化之后检测到条带，但是未糖基化的对照反应中没有。如果使用实时定量PCR，那么就可以估计这个位点大概有多少羟甲基胞嘧啶。

New England Biolabs的销售经理Andy Bertera表示：“表观遗传学是目前生命科学研究中最让人激动的领域之一。这套创新的工具简化了表观遗传学研究，对于疾病相关生物标志物的开发很关键。EpiMark产品家族将协助实现它，并帮助加深我们对于5-hmC在表观基因组中作用的了解。”（生物通 余亮）