《Nature》封面文章：大熊猫“晶晶”基因组测序完成

　　

生物通报道，1月21日周四出版的Nature封面刊登了华大基因研究院领衔的大熊猫“晶晶”基因组的测序成果The sequence and de novo assembly of the giant panda genome。这是华大基因研究院领衔发表的第4篇《Nature》封面文章。

 

来自深圳华大基因研究院领衔，中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心的研究人员近期公布，大熊猫基因组测序研究项目完成，并绘制出大熊猫基因组精细图。这是中国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。

 

这是继第一个黄种人基因组后的又一生命科学的里程碑式贡献，也是科学家第一次全面掌握大熊猫的基因资源，对其在分子水平上的保护具有重要意义。该研究的基因组样品是取自北京奥运会的吉祥物动物“晶晶”。

 

这一研究工作是全球第一个使用新一代合成法测序技术完成的基因组序列图，全部组装和分析软件都是深圳华大基因研究院自主编写的。该成果证明了短序列也能组装成完整基因组，并将成为基因组绘图的国际标准。新的测序技术使得成本降低了几个数量级，时间也缩短了几倍，极大加速了解码生命的进程。

 

此项目自2008年3月启动，已经完成了大熊猫“晶晶”基因组精细图的测序和组装工作。大熊猫有染色体21对，基因组大小2.4G，重复序列含量36%，基因2万多个。经过二倍体测序，证明大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率，从而推断具有较高的遗传多态性，不会濒于灭绝。经过对同源基因的分析发现，大熊猫不喜欢吃肉主要是因为一个基因T1R1失活了，无法感觉到肉的鲜味，但是大熊猫本身没有能够消化竹子纤维的基因，消化竹子纤维则主要靠胃肠道细菌群。在已经进行全基因组测序的物种中，大熊猫基因组与狗的基因组最接近；数据分析结果同时还进一步支持了大多数科学家所持的“大熊猫是熊科的一个亚种”的观点，证明了熊科内部各类群的分类情况。

大熊猫基因组精细图这一研究成果，填补了大熊猫基因组及分子生物学研究的空白，将从基因组学的层面上为大熊猫的保护、疾病监控及其人工繁殖提供科学依据。

 

2008年炎黄一号封面文章

 

深圳华大基因研究院，北京大学，中科院北京基因组研究所等发布了第一张亚洲汉族个体的个人基因组，成果公布在Nature杂志上。

 

同样研究人员以大规模平行测序技术（massively parallel signature sequencing，MPSS）为基础对整个基因组进行测序，测序量达到36倍覆盖率，并且比对了NCBI人类相关基因组，短阅读序列达到99.97％覆盖率，而且根据参考的基因组，研究人员利用唯一的mapped reads获得了一个92％亚洲个体基因组的高质量序列集合。同时研究人员从中识别出了大约300万个SNPs，其中13.6％在dbSNP数据库中没有出现过，基因型分析证明这些SNP具有高精确性和一致性。

 

 

2004年 家禽基因组图谱  《Nature》封面

 

中国科学院北京基因组研究所在国际合作的框架下参与和主持完成的原鸡基因组和家鸡基因组多态性研究日前获重大突破，其主题科学论文发表于12月9日出版的《自然》杂志。

 

鉴于鸡对于基础科学与应用科学研究的重要性，我国科学家（于军等）于1999年就提出了要进行鸡基因组研究的设想。由于经费筹措不足，在2001年又提出了借助国际合作途径来完成这一项目的思路（杨焕明、于军、汪建、刘斌等）并在科技部徐冠华部长的直接支持下与英国科技部、BBSRC、Wellcome  Trust进行了实质性的协商。2002年美国华盛顿大学得到美国国立卫生研究院（NIH）的资助启动了红原鸡基因组测序计划。在2003年3月于英国剑桥举行的国际协调会议上我国科学家不失时机地提出了同步进行家鸡基因组研究的设想并且得到了与会科学家的一致支持，这项研究体现了鸡基因组从基础性到应用性研究的连续性和科学研究的完整性。

 

2002年水稻基因组图谱

11月21日，英国著名的《自然》杂志的封面上又出现了沉甸甸的水稻稻穗，以“水稻基因染色体一号和四号冲破了终点线”为封面要目，同时发表了中国科学家完成的第四号染色体精确测序和日本科学家完成的第一号染色体精确测序的论文。《自然》杂志审稿人认为 这两篇论文“是紧接着水稻基因组草图完成后水稻基因组测序项目里程碑性的事件”。

（生物通 小茜）