康成生物最新推出lncRNA芯片技术服务[新品推荐]

    长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。随着近年来lncRNA不断的被发现，人们开始关注lncRNA在各种生物学过程以及疾病中所起到的作用。通过lncRNA芯片，研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化。

LncRNA芯片服务
    康成生物为您提供Arraystar公司lncRNA芯片的全程技术服务，该芯片覆盖目前所有权威数据库所注释的长链非编码RNA，是目前市面上唯一一款以lncRNA为主，覆盖最全面的lncRNA芯片。

Arraystar公司lncRNA芯片产品列表：

服务名称	物种	描述
Human lncRNA Microarray Service	Homo sapiens	覆盖Refseq~20,000条蛋白编码mRNA，以及NCBI Refseq，UCSC Known Gene，NRED，RNAdb，H-InvDB等多个数据库的~22,000条lncRNA
Mouse lncRNA Microarray Service	Mus musculus	覆盖Refseq~20,000条蛋白编码mRNA，以及NCBI Refseq，UCSC Known Gene，NRED，RNAdb，Fantom3等多个数据库的~16,000条lncRNA

可靠的数据来源
    lncRNA芯片覆盖所有来自Refseq，UCSC Known Gene，NRED，RNAdb，H-InvDB，Fantom3等权威数据库注释为lncRNA的转录本，并在此基础上收录了相关文献中报道的lncRNA，是目前覆盖最为全面的lncRNA芯片。

优质的探针设计
    Arraystar lncRNA芯片设计探针为~60mer的长寡核苷酸，这些长寡核苷酸探针在高严谨杂交条件下可得到高灵敏度及高特异性的理想实验结果。同时针对每条序列都设计了多条探针，增加了信号的可靠度。

与mRNA表达相结合
    lncRNA芯片还覆盖最新的Refseq数据库中所有注释为mRNA的转录本。因此，在一次杂交实验中，可以同时检测mRNA和lncRNA的表达水平，并根据相关的mRNA表达水平变化将鉴定出的lncRNA与已知的信号通路联系起来。

常规lncRNA芯片研究流程

康成生物lncRNA芯片技术服务实验流程
1. 样品总RNA抽提
若实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
若实验对象为细胞样品，每份样品取1×106~1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。

2. RNA质量检测
使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性

3. cDNA样品合成和标记

4. 标记效率质量检测
使用Nanodrop检测荧光标记效率，以保证后续芯片实验结果的可靠性。

5. 芯片杂交
在标准条件下将标记号的探针和高密度基因组芯片进行杂交。

6. 图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。

7. 提供实验报告
芯片扫描图
实验方法中英文报告
RNA质检报告
芯片数据结果报告，包括差异表达lncRNA列表，差异表达基因列表

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应用实例

利用lncRNA芯片，鉴定组织特异（如癌组织特异）表达的lncRNA
   

    对来自多种不同组织和细胞系中的lncRNA表达谱数据进行聚类分析，能够鉴定出在某些特定组织和细胞中特异性表达的lncRNA。
   

    下图中Ken C. Pang及其同事利用lncRNA芯片比较61种不同的小鼠组织中lncRNA的表达谱数据，利用聚类分析，鉴定出了3357种lncRNA在其中表达。利用聚类分析，他们鉴定出了在淋巴细胞以及其他组织中特异表达的lncRNA，为进一步研究特定组织中表达的lncRNA提供了思路（Ken C. Pang, et al. J IMMUNOL. 2009）。

结合标记基因表达水平，鉴定参与了特定生物学过程的lncRNA
 
    将lncRNA芯片与表达谱芯片相结合，能够筛选出和特定生物学过程中的标记基因（marker gene）表达水平变化高度相关的lncRNA，得到参与某个特定生物学过程的lncRNA。
   

    下图是Marcel E. Dinger及其同事利用lncRNA芯片分析在小鼠胚胎肝细胞分化过程中，利用多能性标记基因（Pou5f1, Sox2等，图A）以及原条（Primitive streak）形成过程的标记基因（T, Mesp1, Evx1，图B）筛选与其表达水平变化显著相关的lncRNA，进而得到和这两个过程密切相关的lncRNA，为进一步探究相关lncRNA的功能提供了思路（Marcel E. Dinger, et al. Genome Research. 2008）。

结合相关蛋白编码基因表达水平，分析未知lncRNA的功能
   

    利用lncRNA芯片筛选出的lncRNA，能够根据与其表达水平显著相关的蛋白编码基因集合进行基因集合富集度分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA），进而根据与其表达水平显著相关的基因集合推测lncRNA所参与的生物学过程。
   

    下图是Mitchell Guttman及其同事将鉴定出的lincRNA（large intervening non-coding RNA，lncRNA的一类）与已知的蛋白编码基因的表达数据结合，对与lincRNA表达水平显著相关的基因集合做GSEA分析，并对GSEA结果进行双向聚类（bicluster）后，得到了相关lincRNA所参与的特定生物学过程，为进一步探究相关lincRNA的功能提供了思路（Mitchell Guttman et al. Nature. 2008）。