生物研究热点报道:分子网络研究

　　

生物通报道：分子网络研究是当前的热点，尤其是利用酵母中成批公开的大规模数据进行，之前的实验分析主要聚焦于单个网络的拓扑结构。来自耶鲁大学分子物理学与生物化学系的Haiyuan Yu等人集中展示了四中基本的分子网络的全局比较，这四种分子网络是：调控网络（regulatory）、共表达网络（co-expression）、相互作用网络(interaction) 和代谢网络(metabolic) 。这一研究成果公布在Genome Biology上。

研究人员发现从全局的拓扑相互关系来说——在一种分子网络中相邻的蛋白是否也会在其他网络中趋于紧密联系—— 四种网络十分相似。但是当研究人员聚焦于更多的局部特点的发生情况的时候——首先介绍了composite hubs 的概念：hubs由一种以上的网络共享，研究人员发现四种网络可以分成两种不同的类型： 调控（regulation）和运作（action），后者包括代谢、共表达和相互作用网络，共享相同的中央hubs。

同时调控网络利用显然不同的调节hubs。最后从3种基本的复合基序（composite motifs）——三角形（triangles），桁架(trusses)和桥着手，研究人员分析了调控网络与三种运作网络中每一种网络的相互关系，每一种网络包含了不同水平的单个基因或者基因对的调控。

分析结果表明运作网络再进一步分成两种类型。一方面相互作用（interaction）和共表达（co-expression）网络趋于具有短程的关系，直接相互作用和共表达的蛋白分享共同的调控元件。另一方面，代谢网络包含许多长距离的关联：处于通路远处的酶通常延时表达，受它们的调节元件之间的桥连接很好的调控。这种代谢网络中现象与相应的社会网络相似（例如，流水线）；基于社会网络的认识来划分调节hubs是十分令人惊奇的。
（生物通：亚历）