大规模研究型微阵列交叉平台研究

　　

生物通报道：

前文： 《自然-生物技术》综述：检验当代科学支柱技术

Kuo旨在通过清晰的操作评价方法来保证提供一种没有偏见的结果。利用建立好的分析技术，引导各种不同的平台实验尽可能的相似，并且足够全面，能将新的学术和商业化平台包含在内。为了使得不同平台的情况尽可能相似，试验中选择了两种不同的具有广泛的动态表达范围的RNA样品。

“我们的结果证明，当严格预处理数据后，商业化微阵列比实验室自用的微阵列的内在相容性和与其它平台的一致性更好。” Kuo说，“通过多次测量，one-dye平台比two-dye平台的一致性要好。”在很多时候，微阵列的结果和QRT-PCR是一致的，尤其是检测高表达的基因的时候，但在检测低表达基因中，结果是可变的。Kuo同时也发现当基因表达测量在不同的实验室用相同的平台进行时，得到交叉实验室之间的结果差异要比交叉平台之间的得到结果差异要明显小得多。

2002年，Kuo发表了一篇关于交叉平台的文章，比较了当时两种最常用的平台——Affymetrix 和 cDNA arrays。结果并不太乐观，并且所进行的分析拘泥于许多因素中——一个很突出的问题就是在不同的平台进行对基因的标注和绘图。所以，Kuo根据以前的经验，决定从每一种平台获得探针序列，以便在研究中引入平台时进行预调和。

利用在序列水平上匹配的探针序列，改善了由不同交叉平台得到测量结果的一致性，这种一致性的比较是利用了基于注释数据库(UniGene clusters and LocusLink identifiers)上的匹配。Kuo同时也发现了QRT-PCR的谨慎设计对保证微阵列结果的有效性的重要。对靶标作为探针的相同外显子进行QRT-PCR分析能提高微阵列数据的一致性。

“该研究的目的是阐明一种在序列水平上的比较框架。” Kuo说，“这是首次报道的在相对较大主动性的情况下，利用了所有已知的探针序列进行的分析。结果表明在微阵列的当前的状态下，可以获得许多能提供质量好的数据或者可靠性的平台，尤其在检测高表达基因中，并且在这些平台之间，总的来说，是一致的。检测低表达基因的能力仍然是微阵列的一个局限。然而实际上仍然存在着平台之间不一致的地方，尽管朝着基因表达分析的标准化方向的发展相当可观，因此许多问题仍然需要研究。”
（生物通：亚历）