技术失误：最小基因组需扩充两倍

　　

生物通报道：去年8月，俄勒冈州立大学的研究人员在《科学》杂志上公布了目前已知最小的基因组：细菌Pelagibacter ubique（简称P. ubique）的基因组测序结果。然而在基因组学上最小基因组的概念是指生命体执行基本功能所需要的最少的基因组成，这主要是通过研究人员利用基因敲除技术（knocking out）在大肠杆菌基因组上确定的最小基因组，但是来自德国、英国、匈牙利等国的研究人员发现这种技术方法并不能真实的反应最小基因组组成，实际上生物执行基本功能所需的最小基因组需要扩充两倍，这一研究成果公布在Nature杂志上。

从一些简单的生命形式，比如大肠杆菌中，研究人员推断出来了维持生命基本功能的最小基因组，这个过程主要是通过传统的基因敲除等手段来分析不需要的基因，但是在这篇Nature文章中，研究人员指出这种方法忽略了基因的选择性遗传路线（alternative genetic routes），即当你敲除了一个基因，那么基因组就会补偿性的用另一个基因替代，而当你又去把这个替代基因敲除的时候，基因组就会用会原来的那个基因，用这种敲除的方法就会得出结论认为这两个基因对于这个基因组都是可删除的。

因此本篇文章的研究人员利用两种不同大肠杆菌菌株来推断最小基因组：Buchnera和Wigglesworthia——这两种细菌都生活在昆虫中，形成共生关系。通过计算机模拟，研究人员准确的预测了基因丢失的过程和这两种细菌80%的基因，其中包括基因组中的一些非明显特征（non-obvious features）。这种方法也可以用于其它方面，比如建立细菌代谢疾病特征的图谱，用来辨认细菌能有效消化化学废料的基因。（生物通：张迪）