MiRNA-mRNA互做的基因组图谱被确定

　　

生物通报道：纽约大学比较功能基因组学中心和加州大学伯克利分校的研究人员通过计算机分析预测出了线虫整个基因组范围的microRNA靶标图谱。

MicroRNA能与一种叫做3'UTR的特殊部分中的信史RNA（mRNA）结合，并且能够调节它们。这个预测图片的部分通过一种新的活体方法确定。这种新方法能够确定mRNA的3'UTR部分是否在活体生物的发育过程中被调节。这项研究的结果公布在近期的Current Biology杂志上。

在确定microRNA（miRNA）的靶标过程中，研究组分析了线虫基因组的功能。线虫是第一个完成了完整基因组测序的动物种类，并且是研究胚胎发育的一个经典模型生物。利用由纽约大学开发的一种叫做PicTar的运算方法，研究人员预测出了线粒体基因的miRNA功能。

研究人员发现三分之一的线虫miRNA靶标基因具有相关的功能。这意味着miRNA能够控制在一个特定的生物过程中的若干组基因。而且，至少10％的线虫基因是miRNA的靶标。

为了验证这个利用计算机完成的预测，研究组发明了一种新的活体分析系统。这个系统能比较携带靶标3'UTR的绿色荧光蛋白和对照（没有靶标3'UTR）的表达情况。实验室获得的结果正式了特殊的3'UTR在一直基因表达中的作用，并且揭示出其影响比计算机分析结果还要广泛。这些结果揭示出3'UTR在基因调节中具有广泛的影响。

现在已经可能从PicTar的网站上获得线虫、人类和果蝇的数千个基因组范围的miRNA靶标预测结果。这种新的绘图网络浏览工具将有助于对不同功能的基因组数据资源进行miRNA靶标预测。（生物通记者杨淑娟）