SNP研究方法的偏见

　　 生物通报道：发表在新一期的Genome Research上的一项新研究中，研究人员报道说疯牛病类疾病既不是人类历史的一个主要动力，也不是同类相残的野蛮行径造成的。Pompeu Fabra大学的Jaume Bertranpetit教授和同事利用一套新的遗传数据证明与同类相残有关的平衡选择（balancing selection）并不是朊病毒蛋白基因的一个主要的选择性驱动力。 这项研究还对那些利用SNP（单核苷多态性）研究疾病起源或评估人类潜力历史模式的科研人员具有重要的意义。 朊病毒蛋白基因（PRNP）编码一种能异常折叠并在大脑组织中大量堆积的蛋白质，这种蛋白质导致疯牛病类神经退化疾病的发生。 大约三年前公布的一项研究表明其PRNP基因中杂合了一种常见多态性的个体，对这类疾病的抗性相对较强。随着时间的推移，参与同类相残的纯合体由于对苦鲁病敏感性的增加而造成数量的减少。这意味着人吃人行径在整个人类历史中对PRNP基因产生了一种平衡选择作用（balancing selection）。 Bertranpetit和同事测序了174人的PRNP基因的23778个碱基对。另外，他们还确定了1000人中PRNP基因的两种SNP的基因型以及28个不同的单体型，并利用这些数据来推测突变发生的年代、确定变异的地域性模式和评估可能影响这些模式的选择力。 新的研究数据揭示出了中等频率变异体的缺少。这些结果与波动性选择的复杂历史相一致。这种波动式的选择包括正向选择、纯化选择（purifying seletion）和发生时间很短的平衡选择。这项研究首次揭示出SNP分析会在群体遗传研究中引入一种强烈的偏见，并严重影响结论的正确性。（生物通记者杨遥）