[候选优秀论文]大规模蛋白质组表达谱研究

　　

【编者按】：为了鼓励更多的优秀论文在国内的核心刊物发表以及鼓励和发掘极具潜力的青年科学家，表彰优秀的实验成果，国内的一些核心期刊、生物产品厂家与生物通联合举办了这次中国05-06生命科技年度优秀论文评选活动。为了让广大读者能够从这次活动中了解更多的国内科研进展，同时了解更多的科研技术，生物通将对获得投票数较多的文章进行介绍。这次介绍的是目前暂时投票数领先的文章。

候选优秀论文：吴松锋，朱云平，贺福初.人类蛋白质组表达谱蛋白质鉴定的分步搜索策略，遗传.2005，27（5）：687～693.

 文章介绍

大规模蛋白质组表达谱研究的蛋白质鉴定一般采取基于数据库搜索的策略，因此数据库的选择及搜索策略在蛋白质鉴定中非常重要。现有的人类蛋白质数据库远不够完善，而从其他物种的蛋白质数据库中所能得到的补充非常有限，但人类基因组数据库中却可能含有很大的补充空间。在对国际人类蛋白质数据库充分调研、比较的基础上，提出了一种分步搜索的策略。这种策略首先利用一个质量较高、覆盖率相对较大的非冗余数据库进行基本鉴定，随后利用其他蛋白和核酸数据库进行补充鉴定和新蛋白挖掘。该策略能有效地鉴定尽可能多的高可靠蛋白，并能进一步充分利用质谱数据进行补充鉴定和新蛋白挖掘，对大规模蛋白质组表达谱研究具有重要的意义。

 技术介绍

随着质谱技术的不断改进和完善，质谱的应用范围已扩展到生命科学研究的许多领域，特别是质谱在蛋白质、医学检测、药物成分分析及核酸等领域的应用，不仅为生命科学研究提供了新方法，同时也促进了质谱技术的发展。

蛋白质组是指一个基因组、一个细胞或组织所表达的全部蛋白质成分。蛋白质组的研究是从整体水平上研究细胞或有机体内蛋白质的组成及其活动规律，包括细胞内所有蛋白质的分离、蛋白质表达模式的识别、蛋白质的鉴定、蛋白质翻译后修饰的分析及蛋白质组数据库的构建。质谱技术作为蛋白质组研究的三大支撑技术之一，除了用于多肽、蛋白质的质量测定外，还广泛地应用于肽指纹图谱测定以及氨基酸序列恻定等。

蛋白质组表达谱的蛋白质鉴定方法主要有两种：数据库搜索和从头（De novo）测序。从头测序相当于在所有可能的序列空间中寻找最可能的肽段或蛋白，这种方法费时费力，难以实现高通量，而且对质谱结果要求很高。然而自然界中实际存在的蛋白质氨基酸序列的组合方式相对少多了，如果只在少量的蛋白质序列中选择，即使图谱质量不高，也可以很明确地鉴定某个蛋白质。因此在大规模的蛋白质组表达谱研究中一般采用数据库搜索的策略。现有主要的质谱数据解读软件有Mascot、Sequest等，这篇论文主要基于用Mascot软件搜索Q-TOF数据的结果进行讨论,更详细的内容可以在全文中查阅：人类蛋白质组表达谱蛋白质鉴定的分步搜索策略。有收获的话，记得花一分钟，投一票，也许赢得奖品的人就是你。

 作者介绍

贺福初：

贺福初教授出生于１９６２年５月，１９８２年毕业于复旦大学生物学系本科，１９８５年获军事医学科学院硕士学位，１９９７年获博士学位。从１９８５年起就职于军事医学科学院放射医学研究所，１９９０年、１９９２年先后被聘为放射医学研究所副研究员、研究员，2001年12月被评为中国科学院院士，现任军事医学科学院副院长,并任中国遗传学会常务理事、中国细胞学会理事、中华医学会理事、中国遗传资源管理委员会专家组成员、全军医学科委会常委、军事医学科学院学委会副主任、国际核心刊物Proteomics资深编辑等职。曾在国内外核心刊物发表论著150余篇（被国外学者引用100余次），主编或参与编写专著８部，先后主持863课题4项，以及国家攻关课题、国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金重点课题与市科委重点科研项目共10余项。
    
    贺福初院士主要从事分子生物学及基因工程、蛋白质组学和系统生物学等方面的研究，造诣深厚，成绩斐然。２００２年11月，在法国凡尔赛召开的首届人类蛋白质组国际大会上，当选为“人类肝脏蛋白质组研究计划”执行主席，这是我国领导的一项重大国际合作计划，也是第一个人类组织器官的蛋白质计划，具有重要的现实意义与重大的战略意义。此外，贺福初院士２００２年担任国家９７３“人类重大疾病的蛋白质组学研究”计划项目首席科学家，2003年主持国家重大科技专项课题“重大疾病和重要生理过程的蛋白质组学研究”。先后荣获国家科技进步奖二等奖、军队科技进步奖一等奖等奖项，并荣获“中国青年科技奖”、中国青年科学家奖、国家有突出贡献的中青年专家、863计划重要贡献者等荣誉。

朱云平：男，1969年12月出生，军事医学科学院放射医学研究所副研究员，基因组学与蛋白质组学研究室主任。

1991年毕业于国防科技大学应用物理系，1994年于军事医学科学院获医学硕士学位。
1994年至2000年8月在军事医学科学院放射医学研究所从事辐射防护研究工作，完成国家自然科学基金项目一项、总后指令课题之专题一项。

2000年9月起在基因组学与蛋白质组学研究室从事生物信息学工作，参与了“造血细胞基因表达谱分析及白血病相关基因的筛查”、“中国人基因组单核苷酸多态性(SNP)系统目录构建与研究”、“恶性肿瘤发生与发展的蛋白质组学研究”、“肿瘤细胞周期与蛋白质组技术体系的建立和应用”等多项863、973及自然科学基金课题的研究，建立、完善了基于本地和Web的生物信息学综合分析体系，构建了蛋白质组二维电泳数据库、SNP发掘流程监控系统和SNP数据库，完成了军医科院科研创新启动基金课题“生物信息学计算环境的研究”。
目前是973课题“蛋白质组的生物信息学研究与系列数据库的建立”（课题编号：2001CB510209）负责人以及863课题“蛋白质组数据库的建立及生物信息学研究”（课题编号：2002-BA711A11）负责人。已发表论文二十余篇，获国家科技进步成果三等奖一项、军队科技进步成果二等奖一项。

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记者 谢菲

注：投票活动正在火热进行中！目前《遗传》、《遗传学报》、《中国农业科学》和《Genomics Proteomics&Bioinformatics》已经可进行投票。