[候选优秀论文]浙江大学朱军研究组

　　

【编者按】：为了鼓励更多的优秀论文在国内的核心刊物发表以及鼓励和发掘极具潜力的青年科学家，表彰优秀的实验成果，国内的一些核心期刊、生物产品厂家与生物通联合举办了这次中国05-06生命科技年度优秀论文评选活动。为了让广大读者能够从这次活动中了解更多的国内科研进展，同时了解更多的科研技术，生物通将对获得投票数较多的文章进行介绍。这次介绍的是目前暂时投票数领先的文章。

候选优秀论文：Hai-Yan Pan, Jun Zhu（朱军）&Dan-Fu Han. Clustering Gene Expression Data Based on Predicted Diferential Efects of GV Interaction, Genomics. 2005,3(1):36-41.

 文章介绍

Microarray has become a popular biotechnology in biological and medical research.However, systematic and stochastic variabilities in microarray data are expected and unavoidable, resulting in the problem that the raw measurements have inherent "noise" within microarray experiments. Currently, logarithmic ratios are usually analyzed by various clustering methods directly, which may introduce bias interpretation in identifying groups of genes or samples. In this paper, a statistical method based on mixed model approaches was proposed for microarray data cluster analysis. The underlying rationale of this method is to partition the observed total gene expression level into various variations caused by diferent factors using an ANOVA model, and to predict the diferential efects of GV (gene by variety)interaction using the adjusted unbiased prediction (AUP) method. The predicted GV interaction efects can then be used as the inputs of cluster analysis. We illustrated the application of our method with a gene expression dataset and elucidated the utility of our approach using an external validation.

 技术介绍

利用基因芯片能够得到海量的数据，在得到这些信息后进一步的分析才是真正出实验成果的地方。相同实验数据可以得出许多实验结果，因此分析步骤是十分重要的。目前已经有许多数学统计的方法用于芯片数据处理与信息提取，应用最广泛的是聚类分析（cluster analysis）、此外还有主成分分析(principal component analysis)、时间序列分析(time series analysis)等，但是还没有一种“标准”的统计方法。本文主要对聚类分析提出改进算法，全文见Clustering Gene Expression Data Based on Predicted Differential Effects of GV Interaction。花一分钟投一票，得奖的人也许就是你哦。

 作者介绍

通讯作者：朱军，浙江大学，副校长、教授；浙江大学生物信息学研究所，所长。

学历：

• 1982年浙江农业大学 作物遗传育种硕士
• 1989年 美国北卡罗来纳州立大学 统计学和遗传学博士

主要学术兼职：

中国遗传学会理事、中国生物数学学会副理事长、中国农业应用数学学会理事长、浙江省遗传学会副理事长、浙江省科协常务理事；《Genetica》编委、《遗传学报》和《遗传》副主编、《生物数学学报》编委、《中国棉花学报》编委、《作物学报》编委、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》编委、《生物信息学》编委、《浙江大学学报》(Science)编委、《浙江大学学报(农业与生命科学版)》常务副主编

主要奖励：

• 1994年《作物数量性状遗传分析新方法的研究》获国家教委科技进步二等奖，(第一完成人)
• 1999年《昆虫发育速率在恒温和变温下的变化规律》获教育部科技进步二等奖，(第四完成人)
• 2001年《作物种子品质性状遗传模型和统计分析方法的研究及其在作物育种中的应用》获教育部中国高校科学技术(自然科学)二等奖(第一完成人)
• 2004年 《双列杂交和种质资源评价的遗传模型及分析方法研究》获教育部提名国家科学技术奖自然科学一等奖(第一完成人)
• 1995年被分别评为首届“浙江省杰出教师”和“全国优秀教师”
• 2001年被评为“全国师德先进个人”
• 2003年获“浙江省高等学校教学名师奖”
• 2004年获浙江省“功勋教师”

主要研究领域：

主要从事数量遗传建模和发展统计分析方法的理论研究，研究复杂性状与生物信息分析的方法，研制开发数量遗传与生物信息分析的计算机软件。

部分发表文章：

Liu, P., J. Zhu, and L. Yan, (2004). Marker-assisted selection in segregating generations of self-fertilizing crops. Theoretical and Applied Genetics, 109(2): 370-376.[Full Text /PDF]

Zhao, W., J. Zhu, G. M. Maria and R. Wu. (2004). A unified statistical model for functional mapping of environment-dependent genetic expression and genotype  environment interactions for ontogenetic development. Genetics, 168 (3): 1751-1762.[Full Text /PDF]

Wu, J., J. N. Jenkins, J. C. McCarty Jr., and J. Zhu. (2004). Genetic association of yield with its component traits in a recombinant inbred line population of cotton. Euphytica, 140: 171–179. [Full Text /PDF]

Lu, Y. J. Zhu, and P. Liu. (2005). A two-step strategy for detecting differential gene expression of cDNA microarray data. Current Genetics. 47: 121–131. [Full Text /PDF]

Yang, J., and J. Zhu. (2005). Methods for predicting superior genotypes under multiple environments based on QTL effects. THeoretical and Applied Genetics, 110: 1268-1274. [Full Text /PDF]

其它候选优秀论文

第一站文章：

[候选优秀论文]南京大学王亚平研究小组（基因突变检测技术）

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第二站文章：

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中国05-06年度核心期刊优秀论文评选活动获胜者实验室可获万元奖金，而参与投票的网友也可获得转染试剂等精美礼品。了解更多生物技术，获得精美礼品！

记者 谢菲

注：投票活动正在火热进行中！目前《遗传》、《遗传学报》、《中国农业科学》和《Genomics Proteomics&Bioinformatics》已经可进行投票。