中科院PNAS新文章 家蚕SSR遗传连锁图

　　

生物通报道：在今年的“十五”重大成果展中，世界第一张家蚕基因图谱暨家蚕基因组测序及功能基因组的研究不仅为基因组计划贡献了中国的力量，也是中国分子生物学家们的骄傲。但这一家蚕基因组“框架图”绘制工作的完成并不代表整个研究的结束，来自中国科学院上海生命科学研究所植物生理生态研究所的研究人员11月1日在美国国家科学院院刊PNAS上以“Simple sequence repeat-based consensus linkage map of Bombyx mori”为题公布了完整家蚕SSR遗传连锁图谱。

（家蚕SSR遗传连锁图谱。图片来自PNAS）

SSR，即Simple Sequence Repeats，微卫星标记。在生物的基因组中，尤其是高等生物的基因组中含有大量的重复序列，根据重复序列的重复单位长度可以将串联重复序列分为卫星DNA、微卫星DNA和小卫星DNA等，其中微卫星DNA又叫做简单重复序列，是指广泛分布于基因组的不同位置，由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段长度一般在200bp以下的DNA。

由于SSR重复单位的数目存在着高度的变异，而这些变异表现为重复序列中序列突变或者微卫星数目的整倍性变异造成多个位点的多态性，因此利用SSR标记在基因组中数量多，多态性高，呈共显性和分布均匀的特点，可以构建SSR标记遗传连锁图，为家蚕重要功能基因定位克隆提供研究平台。

现任中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所环境生物学与分子生态学研究室主任的黄勇平教授领导的研究小组利用国内SSR遗传图谱研究和家蚕遗传资源优势，与美国日本的科学家共同构建了包括518个SSR标记，28个连锁组（linkage groups）（每个中有7-40个标记），长度约为3431.9cM的新一代完整遗传连锁图谱。虽然早在1995年就已经构建了RAPD（random amplified polymorphic DNA）遗传图谱，之后又有了 AFLP (amplified fragment length polymorphism )和RFLP（restriction fregrmeat length polymorphism）遗传图谱，但是由于这些标记方法都有一些各自的缺点，因此需要应用价值大，种属特异性强的SSR标记。在构建这张图谱过程中，研究人员首先利用2,500 个(CA)n- 和 (CT)n-based SSR标记确定了17%-24%的多态性，在作图群体Dazao和C108（回交群体）中建立了29个SSR连锁组，接着进一步将其聚类到了28组中和整合到28条染色体上，最后在SSR连锁图上整合一个可见突变p（visible mutation P）和29个昆虫保守基因，就得到了一张包含之前未知的518个SSR标记的家蚕遗传连锁第二代图谱。

这一研究是家蚕基因组研究的一部分，中科院上海生命科学研究所昆虫功能基因组学研究组自2003年就一直开展家蚕SSR遗传连锁图谱构建。利用这些图谱就可以对与变态和发育相关的基因、家蚕丝质相关基因以及鳞翅目昆虫的重要基因进行定位分析，因此这一研究无论是在应用上还是理论上都是一项重要成果。

原文出处：
Xue-Xia Miao, Shi-Jie Xub, Ming-Hui Li, Mu-Wang Li, Jian-Hua Huang, Fang-Yin Dai, Susan W. Marino, David R. Mills, Peiyu Zeng, Kazuei Mita, Shi-Hai Jia, Yong Zhang, Wen-Bin Liu, Hui Xiang, Qiu-Hong Guo, An-Ying Xu, Xiang-Yin Kong, Hong-Xuan Lin, Yao-Zhou Shi, Gang Lu, Xianglin Zhang, Wei Huang, Yuji Yasukochi, Toshiyuki Sugasaki, Toru Shimada, Javaregowda Nagaraju, Zhong-Huai Xiang, Sheng-Yue Wang, Marian R. Goldsmith, Cheng Lu, Guo-Ping Zhao, and Yong-Ping Huang
Simple sequence repeat-based consensus linkage map of Bombyx mori
PNAS 2005 102: 16303-16308; published online before print November 1 2005, 10.1073/pnas.0507794102
（生物通记者：张迪）