狗基因组测序拼接成功

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生物通报道：美国国家人类基因组研究协会（NHGRI）今天宣布，第一份狗的全基因组序列草图已经被加入到免费的公共数据库中供全球的从事生物医学和兽医学的研究者们使用。 NHGRI属于美国国立卫生研究院（NIH）的27个机构之一。

麻省理工学院、哈佛大学、剑桥大学（Mass.）及位于麻省Beverly的Agencourt Bioscience公司组成的Broad Institute 的Lindblad-Toh博士领导的小组成功拼接得到了家犬（Canis familiaris）的基因组序列。用以测序的狗的品系是拳师犬（boxer），在分析了60种不同品系的狗后才决定用拳师犬，因为研究发现这种品系的狗其基因组上发生变异的情况最少，因而可为我们提供最为可靠的基因组序列参考。

起初拼接是基于在7倍于狗基因组序列长度的序列中进行的，研究者们可以通过如下的公共数据库的网址而得到这些序列的数据：
Genebank（NCBI）： http://www.ncbi.nih.gov/Genbank

EMBL Bank ： http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html

DDBJ： www.ddbj.nig.ac.jp

也可以通过位于加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）的基因组浏览程序( http://www.genome.ucsc.edu/ )和位于英国剑桥的Wellcome Trust Sanger Institute的Ensembl基因组浏览程序( www.ensembl.org )看到这些数据。而其基因组图谱将在8月份出现在NCBI的Map Viewer中（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/ ）。

NHGRI的研究员目前正在对狗与人的基因组序列进行比较，计划在随后的几个月公布他们的分析结果。

狗基因组序列的长度与人和其它的哺乳动物相比差不多，大约含有25亿个碱基对。由于经过历史长期的种系选择，一些种类的狗容易受到一些遗传疾病的侵袭，如癌症，心脏病、耳聋、失明以及自身免疫性疾病，这些疾病难以在人身上展开研究。此外，狗也是一种重要的行为遗传学模型，广泛用于药学研究。

为更好的描述狗疾病的特征，其基因组上有足够数量的标记显得尤为重要。因此除拳师犬外，另外9种品系的狗、四匹狼以及一只丛林狼都作为研究的对象以获取研究疾病时所用的标记。初步预计有60万个SNPs（single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性），即大约每5000个碱基对就有一个SNP，目前正在与公布的基因组序列进行比对。用于鉴定SNPs的数据会在NCBI的Trace Archive中向公众公开( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi )，而且SNPs的数据会很快出现在SNP数据库（dbSNP）中( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ )。

狗基因组的测序开始于2003年的7月。NHGRI为Broad Institute进行的这份计划资助了约3000万美元，Broad Institute是属于NHGRI大规模测序研究网的一个部分。

需要了解更多的关于基因组比较分析领域的最新发展可以点击下面的网址： www.genome.gov/10005835 

若要阅读关于描述狗基因组测序的可行性及其策略的白皮书可以点击下面的网址下载：
 http://www.genome.gov/Pages/Research/Sequencing/SeqProposals/CanineSEQedited.pdf 

测序用的boxer名叫Tasha，其高清晰的相片在如下的网址可以看到：
 http://www.genome.gov/11007323 
（Alex）