“活化石”的基因组测序完成

　　 

生物通报道：腔棘鱼是腔棘鱼科的一种大部分已灭绝的鱼。最近，由斯坦福大学的Richard Myers博士与Benaroya研究所的Chris Amemyiya博士合作领导的研究组破解了一种“活化石”鱼类——腔棘鱼的遗传密码。这种古老鱼类的基因组序列将为脊椎动物进化的研究提供有价值的线索。

长久以来，人们都认为腔棘鱼早已经灭绝，但是在1938年却在南非海岸发现了活着的样本。人们认为它第一次出现在约3.5亿年前的泥盆纪，曾经昌盛一时，分布在许多地方。但是从1亿年前开始衰退，到7500万年前的中生代末期灭绝，仅留下化石，这也是叫它“活化石”的原因。目前仅知的这种鱼类的幸存物种只有Latimeria chalumnea和Latimeria menodoensis。

到目前为止，已经有超过200种生物的基因组序列被完全测定，这些数据将促进研究人员对多个物种的遗传密码进行详细比较从而加速对遗传进化的研究。腔棘鱼的研究将为了解条鳍鱼类向四足动物的过渡进化提供重要的线索。

Jim Noonan博士集中研究了印度尼西亚腔棘鱼的一小段但是却很重要的基因组片断——protocadherin基因束。这种能够编码鱼神经元和轴突发育与成熟有关的蛋白的基因束在无脊椎动物中不存在，但在进化的更为复杂的物种中有发现（所有脊椎动物）。由于这个区域容易发生序列变化，因此研究人员预测腔棘鱼的Protocadherin基因束序列将会是整个腔棘鱼基因组序列的一个很好的指示器。

斯坦福人类基因组中心的研究人员分析出腔棘鱼的这个基因束的600000多个核苷组成。利用这个序列，Noonan确定出的这个基因束的结构与orthologours人类基因束非常相似。腔棘鱼的49个protocadherin束基因形成相同的三个“亚束”。而斑马鱼基因组含有至少97个protocadherin基因并形成两个基因束。

这项研究最大的功绩就在于发现腔棘鱼的基因组缓慢地向陆地脊椎动物和硬骨鱼进化。