据专家估计，这世界上大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中。其中绝大多数，是使用福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品。FFPE样品的存档代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。
然而，数量巨大的样品蕴含着无限的科学研究的机会同时也是研究者们很棘手的研究对象。如何获得FFPE样本所蕴藏的生物信息，如何利用分子生物学方法对FFPE样本进行检测，进而针对FFPE样本进行高通量组学分析就变得越来越重要。
上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析，建立了从FFPE样本的准备、储存及运输，到质量控制、高通量检测服务（基于微阵列芯片、新一代测序以及Real-Time PCR等技术方法）的整套SOP标准解决方案。帮助广大科研工作者更好的利用FFPE样本资源，进行各类高通量组学分析。
一、FFPE样本准备、储存及运输
样本质量是确保下游研究应用(微阵列芯片、新一代测序，Real-Time PCR等)中获得高质量数据的关键。 FFPE 样本质量与样本固定时间，储存条件与储存年限等密切相关。
注意事项 |
样本固定 |
手术后，组织样本切成小块后，一个小时内固定固定时间~24小时，不宜过长。 |
样本储存 |
无切面存储，避免氧气、水及其他环境因素如光侵扰（真菌、昆虫等）的影响， 4℃保存。 |
样本实验前准备 |
20 μm 4-5片，放入1.5mL离心管中，4°C保存，冷冻运输。 |
二、FFPE样本的质量控制
采用NanoDrop、 Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析仪进行样品质检工作。
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NanoDrop |
Qubit® 2.0 |
Agilent 2100 生物分析仪 |
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NanoDrop Qubit® 2.0 Agilent 2100 生物分析仪 |
石蜡样本中提取的mRNA/DNA均为降解，除特殊要求外，只根据mRNA/DNA总量来判断是否可以进行后续实验。
下表就针对几种常见的微阵列芯片类型，推荐了相应的起始材料及最低需求量。
芯片类型 |
推荐芯片 |
样品类型 |
最低需求量（μg） |
表达谱芯片 |
Affymetrix |
Total RNA |
1 |
miRNA 芯片 |
Agilent |
Total RNA including miRNA |
0.5 |
aCGH芯片 |
Agilent |
gDNA |
5 |
三、FFPE样品的高通量检测解决方案
四、上海伯豪FFPE样品的高通量检测服务
1. 表达谱研究
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1) 推荐平台：Affymetrix芯片平台
2) 服务推荐：
服务推荐：Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array服务
服务介绍：此款芯片包含了47,000个转录本，代表了38,500个明晰的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington University EST trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。
服务推荐：Affymetrix GeneChip® Human Gene 2.0ST Array 服务
服务介绍：此款芯片包含超过750,000个探针组，代表了超过28,000个基因。每个基因平均覆盖25个探针，可准确检测所有已经注释的转录本表达水平；可以检测传统3’IVT表达谱芯片可能错过的转录本异构体；具有完美的芯片间和芯片内信号相关性(R>0.99)。
服务推荐：Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0服务
服务介绍：新版人全转录本卡式芯片，针对超过40,000个非编码转录本的探针设计，还可帮助您对非编码RNA进行分析。基于RefSeq、Ensembl、UCSC(known genes and lincRNA transcripts)、Vertebrate Genome Annotation(Vega) database、Mammalian Gene Collection(MC)(v10)、www.noncode.org、lncRNA db、BroadInstitute, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog等数据库设计。是研究蛋白编码基因，非编码基因和差异剪接的强有力及高效的分析工具。 |
2. miRNA研究
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1).
推荐平台：Agilent芯片平台
2). 服务推荐：
服务推荐：Agilent Human miRNA芯片V19.0服务 （Catalog ID:G4872A-046064）
服务介绍：Agilent Human miRNA芯片V19.0数据库来源于Sanger microRNA数据库(miRBase) 19.0版本，覆盖1888个人类相关miRNA。芯片设计采用安捷伦公司独特的miRNA检测芯片技术进行，能特异性地检测出成熟的miRNA并能很好地区分高度同源的miRNA 分子。 |
3. CNV研究
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推荐平台：Agilent CGH芯片平台
服务推荐：
Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray 1x1M服务
Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray 2x400K服务
Agilent SurePrint G3 Human CGH Microarray 4x180K服务 |
技术服务热线：800-820-5086 / 400-880-5086
技术服务网站：http://www.ebioservice.com
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