Arraystar 表观转录组芯片
定量检测表观转录修饰
RNA转录后修饰，比如m6A, m1A, m5C, 和假尿嘧啶（Ψ）修饰，共同组成了表观转录组，是一种新层次的基因表达调控方式。m6A是mRNA和lncRNA上含量最丰富的修饰，在转录后各个水平影响mRNA/lncRNA 的代谢和功能 [1]。此外，m6A还参与了其它ncRNA的功能，例如，调控circRNA非帽子依赖的翻译起始[2]和pri-miRNA的成熟过程[3]。
RNA修饰的潜在功能不仅取决于其所修饰的是何种基因转录本，同时也取决于被修饰部分在该转录本中所占的百分比。然而，目前大部分转录组水平的RNA修饰检测方法（如MeRIP测序）着重于寻找转录本上的修饰位点，不能够定量地检测被修饰转录本的百分比。这一类定量信息的缺乏已引起越来越多科研工作者的关注[1,4]。
Arraystar表观转录组芯片结合双色荧光芯片标记系统和RNA修饰免疫共沉淀技术，对每个RNA转录本异构体的修饰百分比进行定量，对于MeRIP-seq很难检测到的 RNA类型（比如lncRNA和circRNA），芯片也具有良好的灵敏度和精确性。
• Arraystar mRNA&lncRNA表观转录组芯片: 适用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA 和 snRNA
• Arraystar circRNA 表观转录组学芯片: 适用于circular RNA
MeRIP测序 vs. Arraystar表观转录组芯片
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MeRIP测序 |
Arraystar表观转录组芯片 |
应用 |
· 定位修饰位点
· 无法定量每种转录本中发生表观修饰的转录本的占比 |
采用双色荧光芯片标记系统，准确检测每种转录本中发生表观修饰的转录本的占比 |
修饰百分比 |
No |
Yes |
RNA种类 |
Poly( A+) mRNA |
mRNA, lncRNA, circRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, snRNA |
转录本特异性 |
无 |
良好 |
RNA 样本 |
细胞系，大量组织 |
细胞系，组织，少量或降解样本（石蜡包埋样本、血清、血浆） |
RNA 量 |
≥ 120 μg 总 RNA |
≥ 1μg 总RNA |
分离mRNA或去除rRNA |
需要 |
不需要 |
RNA完整性 |
需要 |
不需要 |
Arraystar 表观转录组芯片特点
定量检测修饰百分比
Arraystar表观转录组芯片能够在同一个芯片中通过双色通道的方法检测每个转录本修饰亚群和非修饰亚群的百分比（右图），同时对何种转录本发生修饰和不同条件下转录本的修饰差异进行鉴定。
转录本特异性检测
传统MeRIP-seq，因测序深度覆盖要求、短reads组装和定量不精确，难以在转录本特异性水平进行定量。而Arraystar表观转录组芯片使用外显子和跨剪接位点特异性探针，确保了每个转录本异构体修饰水平检测的可信度与精确性，提供了更深层次的表观转录组学信息。
低至1ug的RNA要求量
目前MeRIP-seq需要大量的总RNA（≥120ug），而Arraystar表观转录组芯片总RNA起始量低至1ug，适用于很多取材有限的生物学样本，为更多的课题研究提供了机会。 |
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图释：Arraystar表观转录组芯片可以在同一张芯片上使用Cy5检测免疫共沉淀的修饰RNA，用Cy3检测上清中的非修饰RNA，从而检测每一个转录本中修饰和非修饰的百分比。 |
Arraystar 表观转录组芯片列表
| Arraystar表观转录组芯片 |
规格 |
产品内容 |
Human mRNA&lncRNA 表观转录组芯片(m6A) |
8×60K |
44,122 mRNAs; 12,496 lncRNAs; 3,813 Mid-size ncRNAs |
Mouse mRNA&lncRNA表观转录组芯片(m6A) |
8×60K |
48,161 mRNAs; 8,393lncRNAs; 4,087 Mid-size ncRNAs |
Rat mRNA&lncRNA 表观转录组芯片 (m6A) |
8×60K |
27,770 mRNAs; 10,582 lncRNAs; 2,505 Mid-size ncRNAs |
Human circRNA 表观转录组芯片 (m6A) |
8×60K |
13,617 circular RNAs |
Mouse circRNA 表观转录组芯片 (m6A) |
8×60K |
14,236 circular RNAs |
Rat circRNA 表观转录组芯片 (m6A) |
8×60K |
14,145 circular RNAs |
康成生物独家提供技术服务
康成生物国内独家提供Arraystar表观转录组芯片全程一站式技术服务；目前，国内客户使用康成生物技术服务发表的研究文章已突破560篇，其中多篇发表在国际顶尖杂志Cancer Cell, Molecular Cell, Hepatology等上。
参考文献
[1] Gilbert W.V. et al. (2016) Science [PMID: 27313037]
[2] Yang Y. et al. (2017) Cell Res. [PMID: 28281539]
[3] Alarcón C.R. et al. (2015) Cell [PMID: 26321680]
[4] Lewis C.J. et al. (2017) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [PMID: 28144031]
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