2015年4月27日,Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术,G&T-Seq(Genome and Transcriptome Sequencing)。该技术能够实现单个细胞大规模的DNA和RNA平行测序,展现单个细胞的基因变异与基因功能的关系[1]。2015年10月,安诺基因成功建立此高难度技术体系,在国内首家研发成功单细胞基因组与转录组平行测序技术平台。
单细胞基因组和单细胞转录组高通量测序技术,已经成为单细胞研究重要的工具,但是主要挑战是在同一细胞进行基因组DNA和RNA的平行研究上。G&T-Seq这一整合的技术的重要意义在于可以分析单细胞基因型和表现型之间的关系,深刻揭示一个细胞内的DNA信息指导细胞状态的调控机制。
技术指标
|
G&T-seq |
常规单细胞 |
MALBAC |
MDA |
RNA-Seq |
MALBAC |
MDA |
RNA-Seq |
Clean Reads |
60-90G |
60-90G |
— |
60-90G |
60-90G |
— |
Q30 |
>90% |
>90% |
>90% |
>90% |
>90% |
>90% |
Mapping Rate(%) |
>94% |
>94% |
85-95% |
>94% |
>94% |
>92% |
Coverage
of genome(%) |
45-60% |
50-70% |
— |
50-80% |
60-85% |
— |
G&T-Seq技术实现了研究同一单细胞中基因型和表型之间的对应关系,定性且定量地获悉了单个细胞中基因组和转录组的所有信息,能够深入挖掘基因与基因表达调控间的作用机理。G&T-Seq主要应用在癌症研究领域,尤其是循环肿瘤细胞(CTC),并且在胚胎发育、干细胞多能性、细胞分化、细胞治疗、以及CRISPR基因编辑等领域都有广泛应用。
安诺基因单细胞多组学研究解决方案目前已经丰富至三大组学、六个产品,涵盖单细胞基因组测序、单细胞转录组测序、单细胞全基因组甲基化测序、单细胞RRBS测序、单细胞Hi-C测序以及最新的单细胞基因组与转录组平行测序(G&T-Seq),这些技术能够有针对性并准确服务于不同的研究策略和实验目的。随着基础研究的不断深入,单细胞测序大数据的不断积累,在癌症、生殖发育、神经科学、免疫等领域都将取得新的突破。
1. Macaulay IC, Haerty W, Kumar P, Li YI, Hu TX, Teng MJ, Goolam M, Saurat N, Coupland P, Shirley LM et al: G&T-seq: parallel sequencing of single-cell genomes and transcriptomes. Nature methods 2015, 12(6):519-522.
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