Takara真香推荐—简便准确好用的液态活检解决方案（游离核酸篇）

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活检，是癌症等疾病确诊的必要技术。

传统意义的活检是指通过介入或手术取一小块人体组织，进行病理分析，判断是否患病。然而这种方式需要介入人体，可能在活检时误伤器官或大血管，还可能刺激肿瘤恶化发展。

进一步研究发现，肿瘤细胞（病变细胞）所释放出的特征物质能进入体液，我们可以从中抽取到肿瘤发生发展过程中的关键信息用于分析。由此，液态活检技术应运而生，无创性、敏感性、动态性是其主要特质。由于灵敏度高，液态活检适用于早期诊断以及指导用药、疗效与复发监控，所检测的特征物质包括游离核酸（cfDNA/cfRNA）、循环肿瘤细胞（CTC）、细胞外囊泡（EV）等。

其中，各大检测服务提供商、科研工作者对cfDNA、cfRNA的关注一直十分强烈。

cfDNA是液态活检领域最广泛检测的对象，尤其是游离在体液中的循环肿瘤DNA（ctDNA）。外周血中的ctDNA包含了癌基因/抑癌基因的突变、微卫星不稳定、后生遗传学变异等基因变异信息，现阶段主要通过高通量测序技术检测分析这些信息并应用于临床。

随着研究的不断深入，科研人员发现单纯的ctDNA检测不能全面反映疾病在RNA水平的生物活性，无法明确突变对细胞进程的影响。而RNA水平的检测能明确癌症在特定时间发生的变化，可定期监控疾病的发展及对治疗的反应，并预测身患同一癌症的不同个体将对不同疗法有何反应，因此受到广泛关注。

因此，不少液态活检工作者开始同时检测cfDNA与cfRNA两个水平的变化，联合分析提供更全面的临床数据。但是，在开发游离核酸项目时，研发人员常面临多种挑战：

游离核酸在外周血中含量较低
游离核酸稳定性、完整性不足，存在一定降解
建库流程较长，操作繁琐，对实验员素质有更高要求

针对以上难点，Takara分别推出了可用于cfRNA、cfDNA的NGS解决方案，助力您游离核酸项目的研发！

温馨提示：以下内容，如果您感兴趣，请联系我们进行详细咨询：wangmin@takarabiomed.com.cn

cfRNA解决方案

用操作简便的RNAiso Blood提取cfRNA，纯度、产量都高！

实验案例：

使用本公司的RNAiso Blood、A公司试剂、B公司与C公司柱式法的产品提取人血液中的total RNA，并进行凝胶电泳分析，相关结果如下：

泳道	产品	OD260/280	每100 μl血液RNA收量（μg）
1,2	RNAiso Blood	1.76	2.62
3,4	A公司试剂	1.84	2.99
5,6	B公司产品（柱式）	1.98	0.57
7,8	C公司产品（柱式）	1.51	0.11

*数据来源：Takara Bio Inc.

好的RNA提取是做好一切RNA实验的基础，游离RNA由于其自身的特点需要更好的技术才能获得更高的纯度与产量。

RNAiso Blood是一种从人或动物的血液及含水量较高的植物中可简单、快速分离RNA的Total RNA提取试剂，全过程仅需1小时。提取的Total RNA纯度高，很少含蛋白质及基因组DNA，可以直接用于RT-PCR、Northern杂交、mRNA纯化、体外翻译等各种分子生物学实验。

实验流程：

更多详情：
RNAiso Blood

Takara SMARTer技术，助您突破游离RNA（cfRNA）项目研发瓶颈

《Science》重磅：研究者建立一项新的预测早产风险的血液检测方法，利用的是孕妇血液中胎儿组织的游离RNA（cfRNA）记录来监测的，准确率高达75％-80％，并且该技术还被用于推断孕周和预产期。

其中Takara的SMARTer Stranded Total RNA-seq - Pico Input Mammalian kit 用于 cfRNA 的文库构建，然后通过 Illumina NextSeq 500 (2x75 bp) 进行深度测序。

原文链接：
Ngo, Thuy T. M. et al. Noninvasive blood tests for fetal development predict gestational age and preterm delivery[J]. Science, 2018, 360(6393):1133-1136.

游离RNA（cfRNA），是科研人员及各大NGS厂商近期重点关注的对象，由于其能反映DNA标志物的生物活性，能提供更可靠的肿瘤、早产风险的预测数据。cfRNA的文库构建是很关键又是非常困难的环节，选择性能优异的文库构建技术至关重要！

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian（Pico v2），专为低质量样本设计，无需进行rRNA前处理操作，可直接以体液样本中提取的total RNA起始，6小时内即可制备具有链特异性的高质量文库。简便快捷的操作，却带来了编码与非编码RNA的准确分析！

近来，科研人员运用Pico v2的前一代产品SMARTer Stranded Total RNA-seq - Pico Input Mammalian kit（Pico v1）对cfRNA建库、预测早产风险的研究成果发表于《Science》杂志，受到了广泛关注。而与Pico v1相比，Pico v2不仅文库纯化操作更方便，还大大提升了测序性能！不信您往下看↓

上图为以150 pg和1 ng cfRNA起始，分别采用Pico v1和Pico v2构建文库进行测序分析。使用Pico v2的mapping率更高，核糖体和线粒体检出比例更低，基因检测数量更多，能进行更高灵敏度的分析。

更多详情：
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian

cfDNA解决方案

微量ctDNA样本无法准确分析稀有变异? 自带1600万分子标签的建库技术了解一下

在肿瘤早期筛查研究领域，循环肿瘤DNA（ctDNA）一直是各大厂商、科研工作者关注的重点。虽然ctDNA的应用日趋成熟，但总有一些微量的ctDNA样本无法用传统技术完成高品质文库的构建，特别是在进行肿瘤早期诊断有重要价值的稀有突变分析时。

如何以微量ctDNA起始构建可准确分析稀有突变的文库？Takara的解决方案是引入分子标签技术！
ThruPLEX Tag-Seq Kit是Takara推出的采用茎环形接头，含1600万种分子标签的DNA-Seq文库构建技术，足以准确区分是测序错误还是真实的稀有突变！

同时，该产品支持1-50 ng cfDNA起始，微量样本的文库构建不再是难题！
ThruPLEX单管操作、手动15 min、总共两小时，过程中无需转管与纯化，实验小白也能轻松上手！

实验案例：

分别以10 ng及30 ng的cfDNA标准样品（Horizon Diagnostics）起始，使用ThruPLEX Tag-seq kit制备文库，然后使用Agilent SureSelect靶向序列富集系统定制Panel(110 KB)，或Roche的NimbleGen SeqCap EZ定制Panel（240 KB）进行富集，使用illumina的NGS平台进行测序。得到的数据使用Curio（Curio Genomics）分析。

使用Agilent (30 ng DNA input)或Roche（10 ng DNA input）两者中的任意一个靶向富集系统时，可以得到与已知的MAF（Minor Allele Frequency）同等的结果。

（数据来源于Takara Bio USA, Inc.）

更多详情：
ThruPLEX Tag-Seq Kit

>> 点击此处阅读原文

延伸阅读：

实验友好型的ctDNA稀有突变分析方案
可能有些刚开展ctDNA稀有变异分析项目的朋友会有所担心，即便能简便快捷地构建NGS文库，但后期如果没有易用的生信分析流程，一样会成为项目研发的阻碍。
No Worries！以下三款生信分析工具，搭配ThruPLEX Tag-Seq使用，效果更佳！

Connor：GitHub平台上一款开放型的生信工具，可以处理ThruPLEX Tag-Seq文库的测序数据。Connor可以aligned BAM文件作为输入量，分析分子标签信息，并生成含对应序列的BAM文件，后续可结合突变分析软件进行分析，如FreeBayes等。

Curio：Curio Genomics公司所推出的基于“云”的生信平台，ThruPLEX Tag-Seq文库的测序数据可以上传、处理及可视化。该平台运行速度快，用户界面友好，具有强大的Alignment Viewer。同时，Curio整合了变异检测、分析及可视化的模块，方便用户使用。

Strand NGS：由Strand Life Sciences推出的原生支持ThruPLEX Tag-Seq数据分析的生信平台，提供NGS数据的分析、管理及可视化。

精彩讲座：

在本次在线讲座中，来自威斯康辛医学院的病理与分子遗传学教授Dr. Liang Wang将分享他近期用NGS技术分析cfDNA，用以鉴定前列腺癌、肺癌和结肠癌生物标志物的研究成果。其中，Dr. Liang Wang采用ThruPLEX技术构建cfDNA样品的NGS文库。

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